| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 4294 = | 548 (1.110) | 10 (0.010) | 8/280 | 44.8 | 0.86% | intergenic (+259/‑206) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
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| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 553 total aligned reads displayed.
TTATTTATTTTGAAGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTAC‑GCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATG > CP000731/4146‑4442 | tatttTGAACATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATAACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTAC‑GCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTAtt < 1:144303/149‑1 (MQ=255) atttTGAAGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAGACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTAC‑GCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTAATTg > 2:638426/1‑149 (MQ=255) aaGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCTTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAAGTCTGAAGTGTCTCCATGTCTAC‑GCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTg < 1:38880/149‑1 (MQ=255) 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aaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACCTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa < 1:580200/149‑1 (MQ=25) tttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATg < 1:896331/149‑1 (MQ=37) | TTATTTATTTTGAAGATTTTTCGTAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTAC‑GCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATG > CP000731/4146‑4442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |