| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 48945 = | 139 (1.350) | 6 (0.060) | 5/294 | 7.8 | 4.0% | intergenic (‑54/+180) | hin_2/USA300HOU_RS00205 | DNA‑invertase hin/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 48974 = | 151 (1.480) | intergenic (‑83/+151) | hin_2/USA300HOU_RS00205 | DNA‑invertase hin/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TGTTTTTCGGCTATTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGTCGATTATTCAGT > USA300TCH1516_ALE/48797‑49093 | ttttCGGCTATTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGc > 1:754923/1‑149 (MQ=255) ttttCCGCTATTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGGGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGc < 2:584863/149‑1 (MQ=255) tttCGGCTATTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATACGcc < 2:471676/149‑1 (MQ=255) gCTATTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACa > 1:1087795/1‑149 (MQ=255) tGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCCAt > 1:27996/1‑149 (MQ=255) tGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAAt > 1:279390/1‑149 (MQ=255) aTAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGt < 1:400661/149‑1 (MQ=255) tgCTTGTTTCTTCGCTGCAATAGATTGCTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATCTATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACAACAATGAGATGTTg < 1:560265/148‑1 (MQ=255) aGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTg > 2:649793/1‑149 (MQ=255) aGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTg < 1:271512/149‑1 (MQ=255) gCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTgg > 1:130798/1‑149 (MQ=255) ttCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTcc < 1:728307/149‑1 (MQ=255) ttCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTcc < 1:735221/149‑1 (MQ=255) ttCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTCTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTcc < 1:642657/149‑1 (MQ=255) tCTGTTCTGCAAGATATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACATTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCa < 2:1030528/149‑1 (MQ=255) cTGTGCTGCAAGTGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCat < 2:1036716/149‑1 (MQ=255) tctgctgcAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTATTAATTTATATTTATGGATGACTTCATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCata < 1:32322/147‑1 (MQ=255) gtgCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTGATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGACAAATATCAAGGAGAAGTTGGGCGTCCatat > 2:1009314/1‑149 (MQ=255) gtgCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTTTGGTTGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGAGGTTGGTCGTCCatat > 1:200478/1‑149 (MQ=255) gtgCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCatat > 1:243672/1‑149 (MQ=255) gtgCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCatat > 1:1047817/1‑149 (MQ=255) tgctgcAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATAAATGAGATGTTGGGCGTCCATAtt < 1:556557/149‑1 (MQ=255) gctgcAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGCTATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTa > 2:425029/1‑149 (MQ=255) 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agaTTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAGGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCAtttg > 1:930983/1‑149 (MQ=255) agaTTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCAtttg > 1:857688/1‑149 (MQ=255) tgttttTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCAtttgtttg < 1:413969/149‑1 (MQ=255) ttttttCATCGTCCTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttgat < 2:742244/146‑1 (MQ=255) gttTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttgattg < 1:918836/149‑1 (MQ=255) 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tataAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGTCGATTATTc > 2:20976/1‑149 (MQ=255) taAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATACGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGTCGATTATTCAg > 2:894307/1‑149 (MQ=255) | TGTTTTTCGGCTATTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGTCGATTATTCAGT > USA300TCH1516_ALE/48797‑49093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |