Read alignment evidence... | |||||||||||
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Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AATTCATTTCTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTA > USA300TCH1516_ALE/111364‑111660 | aaTTCATTTCTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCa < 1:51352/149‑1 (MQ=255) aTTCATTTCTACTGAGGAAGTTAAATAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAg < 1:338461/149‑1 (MQ=255) aTTCATTTCTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAg < 1:183552/149‑1 (MQ=255) 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tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAGCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATCTAAAAGGt > 1:835435/1‑149 (MQ=255) atCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAATACGTAAAAGATATAAGATACCAAAAAATAAAGCGCCGAAGCTGTAGTTG‑AAAGGTAAAGGAAATTTAAAAGGtt > 2:333129/1‑149 (MQ=17) cATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTCCGTAAAAGATATGACATACAAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca > 2:336400/1‑149 (MQ=255) cATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAGTTTAAAAGGTtca > 1:109233/1‑149 (MQ=255) cATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAAAGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca > 2:1094071/1‑149 (MQ=255) 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cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaa > 2:481369/1‑149 (MQ=255) aattATTCAGCGCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt < 2:576965/147‑1 (MQ=255) | AATTCATTTCTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTA > USA300TCH1516_ALE/111364‑111660 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |