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Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
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cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCCGATGGATATaaaaaa > 1:520381/1‑149 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaa > 2:481369/1‑149 (MQ=255) aattATTCAGCGCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt < 2:576965/147‑1 (MQ=255) gTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAtt > 2:56188/1‑149 (MQ=255) tCAGCTCAACTGCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAtt < 2:553207/149‑1 (MQ=255) cAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAttt > 2:789828/1‑149 (MQ=255) aGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTa > 2:1077506/1‑149 (MQ=255) tCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACtt > 2:518563/1‑149 (MQ=255) cAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACttt > 1:204539/1‑149 (MQ=255) cAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACttt > 1:843726/1‑149 (MQ=255) cAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACttt > 1:1056334/1‑149 (MQ=255) cAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGATACATCAGTTGGATATAAAAAAATTAAATTTACttt > 1:233015/1‑149 (MQ=255) | ATTTCTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTG‑AAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTT > USA300TCH1516_ALE/111369‑111664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |