Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 98.4% | 222.3 / NA | 65 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (30/33); minor base G (0/1); total (31/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACATGTTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCTG > USA300TCH1516_ALE/1416315‑1416599 | cccaTGTTTTAACTCAATCAGAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATGTTTATTTAGACGGTCCGTACACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAATACATAATTGTAc < 1:760833/147‑1 (MQ=255) cacaTGTTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTAc > 1:739152/1‑149 (MQ=255) gTTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTCATTAGACGTTCAGGATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACa < 1:367761/149‑1 (MQ=255) ttttAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACaa > 1:285983/1‑149 (MQ=255) aCTCAACCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCACCAGCACAGGCTTGACAAGAAAGAGATGACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑Attt < 1:1096531/149‑1 (MQ=255) tAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATg < 1:451638/149‑1 (MQ=255) tAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATg < 2:760605/149‑1 (MQ=255) gtgaTCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATCATTGTACTGACAAT‑ATTTCACTACATgcc > 2:135228/4‑147 (MQ=255) tAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACt > 1:428779/1‑149 (MQ=255) aTCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACtaa > 2:1096507/1‑147 (MQ=255) tCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTaa < 2:1113368/149‑1 (MQ=255) ccTCTGTAATTGTGTTCTATATTTAAGTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGTTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTTAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGt < 2:731491/149‑1 (MQ=255) ctctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAACATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGtt > 1:964148/1‑149 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAt > 2:636099/1‑149 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAt > 1:897620/1‑149 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAt > 1:897600/1‑149 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGAAACTGCTCAGACTTGAAATGATTAATATTACCTCGGTCAATAATTTGACCTTTTTTTAAAACATAATTGTACTG‑CAATAATTTCAATACATTAATTAAGTTAt > 2:724354/1‑149 (MQ=255) tttAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAtg < 2:580973/149‑1 (MQ=255) tttAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAATATACGGATGCAAATGCTCATGCTTGAAATGATTAATATTCCCTCGTTCAATGATTTGACCTACTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAtg < 2:614670/149‑1 (MQ=255) ttAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgt > 1:29310/1‑149 (MQ=255) tAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtg < 1:639832/149‑1 (MQ=255) aaTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATCTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAC‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtgt < 1:724267/149‑1 (MQ=255) aaTTGTGTTCTAGATGTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtgt > 2:964522/1‑149 (MQ=255) tgtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGataa < 2:156816/149‑1 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACTGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGAtaataa < 2:820967/149‑1 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGTATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGAtaataa < 1:699012/149‑1 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGAtaataa < 2:688182/149‑1 (MQ=255) tataTTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGCCAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaatacat > 1:93288/1‑149 (MQ=255) atTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTTTACAGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAaataat > 1:486458/1‑149 (MQ=255) ttAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGa > 1:245250/1‑149 (MQ=255) ttAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGa > 1:190725/1‑149 (MQ=255) tAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATAATACCTCGTTAAATGATTTGACATTCTTTTAAAAAGTAACTGTGCATGCAAT‑ATTGCAATACATGAAATACGAAATGTGTGATGATAaataatactaaaa > 2:585637/1‑142 (MQ=255) tAGACGTTCACTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAACCTTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAc < 1:638061/149‑1 (MQ=255) aGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTg > 1:881808/1‑146 (MQ=255) aGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTg < 2:881808/146‑1 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGCTACAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGGCCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATACTGTTTGACCa > 2:74289/1‑149 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCa > 1:922551/1‑149 (MQ=255) aCGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAAGGTTTGACCAt > 2:1055478/1‑149 (MQ=255) gtgaGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGtt < 1:156998/146‑1 (MQ=255) aGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTa < 1:996542/149‑1 (MQ=255) ataCGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATa < 2:881919/149‑1 (MQ=255) cAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCt < 2:420444/149‑1 (MQ=255) aaaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATCCAATATGCTg > 1:357056/1‑149 (MQ=255) aaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGt < 2:120187/149‑1 (MQ=255) aaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCCTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCCATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGt < 2:512943/149‑1 (MQ=255) aTGCTCATACTTGAAATGATTAATCTTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTTTTTTAAAACATAATTGTAGTAGCTGT‑ATTTCAATACGTTACTTAATTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGta < 1:1096507/149‑1 (MQ=255) aTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGGTGta > 1:469706/1‑149 (MQ=255) tGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGCTCATTTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATc < 2:739152/149‑1 (MQ=255) taTTAATATTATACCGTTCAATGATTGAACCTTCTGTTCAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGa < 2:563722/148‑1 (MQ=255) aaTATTACCTTGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTTACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATTTTTTACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTAc < 2:837536/149‑1 (MQ=255) aaTATTACCTCGGTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATACTTGTACGGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTACGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATGCAATATGCTGTAATCAATCCATCACTTGATTAc < 2:536233/149‑1 (MQ=255) ttcccTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAGTAAATCCATCACTTGATTACCGtt < 1:664170/146‑1 (MQ=255) ttACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGtt > 1:234250/1‑149 (MQ=255) cGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGc > 1:899713/1‑149 (MQ=255) cGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGc > 2:956697/1‑149 (MQ=255) cGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGc > 1:355038/1‑149 (MQ=255) tCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATc < 1:217696/149‑1 (MQ=255) aTTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTAATTACCGTACAAAGCATCCAatga > 2:567205/1‑149 (MQ=255) aCCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATTCaa > 1:645346/1‑149 (MQ=255) ttcttTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTg > 2:338467/1‑149 (MQ=255) cttTTAAAACATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGt > 2:913052/1‑149 (MQ=255) ttttAAAAAATAAGTTTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGCCTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCACCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGtt < 2:364247/149‑1 (MQ=255) aaaaCATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCAACCACTGATGCAACTGGTTCGTc < 2:756205/149‑1 (MQ=255) aaaaCATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCAACCACTGATGCAACTGGTTCGTc < 2:756202/149‑1 (MQ=255) aaCATAATTGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCTg < 2:99020/149‑1 (MQ=255) | CACATGTTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAAT‑ATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCTG > USA300TCH1516_ALE/1416315‑1416599 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |