| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,539,250 | C→G | intergenic (‑349/+37) | aroC ← / ← USA300HOU_RS07505 | Chorismate synthase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,539,250 | 0 | C | G | 97.1% | 227.8 / NA | 70 | intergenic (‑349/+37) | aroC/USA300HOU_RS07505 | Chorismate synthase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (31/37); minor base T (1/1); total (32/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAACAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGT > USA300TCH1516_ALE/1539109‑1539385 | aaaCAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaa < 2:600065/149‑1 (MQ=255) aaCAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa < 1:1018129/149‑1 (MQ=255) ctgTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa < 1:140574/147‑1 (MQ=255) cAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa < 1:381867/149‑1 (MQ=255) aGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAACTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaa < 2:900679/149‑1 (MQ=255) tGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTTCGTTTAAAAAAAtt > 1:10432/1‑149 (MQ=255) tGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAAtt < 1:837001/149‑1 (MQ=255) gCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTa < 1:56609/149‑1 (MQ=255) gCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGAAAATAAAAAAATTa < 2:445077/149‑1 (MQ=255) tcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATAGAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGa < 1:738918/149‑1 (MQ=255) tcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGa < 2:170948/149‑1 (MQ=255) tcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGAAAATAATATACTGACTAAATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGa > 1:313828/1‑149 (MQ=255) cATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAat > 1:684562/1‑149 (MQ=255) cATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAat > 1:531738/1‑149 (MQ=255) attaattaAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAAAGAACTGT‑‑TAATTATTAATACAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAata > 2:99401/1‑149 (MQ=255) taaataaaAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTACCGTAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTACAAAAATTATGATATTAAAAtata < 2:861399/149‑1 (MQ=255) ttaaAAATGATTATCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACat < 2:25410/149‑1 (MQ=255) ttaaAAATGATTAGCCGTTTTAACATAATCGTACCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACat > 1:563686/1‑149 (MQ=255) aactGAGTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt < 1:668741/146‑1 (MQ=255) aaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATTATATTAAAATATACATTTGt > 2:709388/1‑149 (MQ=255) agATTATCCGTTTTAATATAAACGTATCGCAACTTTAGCAAATAAAATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACTAACTGT‑‑TAATTATTAAAAACGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTaa < 1:217913/148‑1 (MQ=255) gcagTTTTGCTATAATCGTTTCGTAACCTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtt < 2:280508/146‑1 (MQ=255) gCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtt > 1:733738/1‑149 (MQ=255) gCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTATTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtt > 2:727621/1‑149 (MQ=255) ccGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCttt < 1:736860/149‑1 (MQ=255) ttttAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAACTATACATATGATAAGCGCTTTTGt > 1:882779/1‑149 (MQ=255) tttAATATAATCCTATCGCAAATTTAGCAAATAATATACTTAATACAGTTCTTAATACAAAAGTACGAACTGT‑‑TAATGATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAATATATTATGTTATTAAATTATACATATGTTAAGCGCTTTTGtt < 2:148269/149‑1 (MQ=255) atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTGAAAAGAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACAGATGTTAAGCGCTTTTGTTATAc < 1:586384/149‑1 (MQ=255) atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAc < 1:835623/149‑1 (MQ=255) atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATCTCTGAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAc > 1:539870/1‑149 (MQ=255) ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTAAATAAATATCATAAT‑‑AAGTGAGTGATTTGTTATAACTATTACTCACGCTATTCGGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt < 2:1067109/149‑1 (MQ=255) taATCGTACCGCAAATTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTACTACATAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAAGCAGTGCGGTTATAAAAATTAGGATATTAAAATATACATATGGTAAGCGCTTTTGTTATACttt < 2:99321/149‑1 (MQ=255) aTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa > 2:596316/1‑149 (MQ=255) aTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa > 1:309106/1‑149 (MQ=255) aTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACGGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa > 1:749477/1‑149 (MQ=255) aTCGTATCGCAACTTTAACAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTCTACTTTGa > 2:718256/1‑149 (MQ=255) ttctaaCTTTAGCAAATAATATACTTACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaa < 1:451950/145‑1 (MQ=255) tCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACtgcta > 1:1109010/1‑145 (MQ=255) tCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaa < 2:339122/149‑1 (MQ=255) tCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATCTCTTAATACAAAAGAACGACCTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaa < 2:616065/149‑1 (MQ=255) tAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAAt < 2:954504/149‑1 (MQ=255) gCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAGGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTACTCAGTTCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa < 2:953272/149‑1 (MQ=255) aaaTAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATTATATTAAAATATACATATGTTAAGCACTTTTGTTATACTTTGAATTCAAAAATATAATCAAt > 2:427470/1‑149 (MQ=255) aaaTAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAAtatat > 1:83614/1‑145 (MQ=255) aaaTAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt > 1:891262/1‑149 (MQ=255) ataataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTc < 2:313828/149‑1 (MQ=255) aataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtt < 2:816727/149‑1 (MQ=255) atatACTGACGACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCttt < 2:1037245/149‑1 (MQ=255) tataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtttt < 1:1027285/149‑1 (MQ=255) taCTGACTTCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTat > 2:933730/1‑148 (MQ=255) taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAc > 2:852069/1‑149 (MQ=255) cTACATTTCTTTATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATAc < 2:115868/149‑1 (MQ=255) aaTTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAGTAcggt < 2:414746/148‑4 (MQ=255) aTTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaa > 1:121630/1‑149 (MQ=255) ttAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTCATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAat > 1:168587/1‑149 (MQ=255) tAATACTAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAata < 2:160449/149‑1 (MQ=255) aTACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATCTTAAAAAAAACATATGTTATTCAATTATGTTATTCTTTGACTACAAAAATAAAATCAATTCTTGTACTAATACATAAAAAAtata > 2:97251/1‑149 (MQ=255) aTACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAAtata > 2:536513/1‑149 (MQ=255) tACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATaa > 1:129066/1‑149 (MQ=255) aCAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATaaa > 1:137535/1‑149 (MQ=255) cAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATGTTAAAGTATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAGTATAATCAATTATTGTGCTATTACATATAAAatatcatt > 2:39516/1‑145 (MQ=255) aaaaGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATg < 1:117750/149‑1 (MQ=255) aaGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag < 1:879447/149‑1 (MQ=255) gaacgaacTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGagag > 1:1018738/1‑149 (MQ=255) tattaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaataa < 1:166725/149‑1 (MQ=255) aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAACATTTTTATATTGCAATATCCATATGTTACGCGCTTTTTTTATAGTTTAACTTCCAAAATCTAATCCAATCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAtttt < 2:539870/149‑1 (MQ=255) taaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTTTAAAAATAAtttttt > 2:50140/1‑148 (MQ=255) taaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATCAAAATAATTTTTg > 2:600260/1‑149 (MQ=255) taaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTg > 2:600623/1‑149 (MQ=255) aaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGt < 2:1099768/149‑1 (MQ=255) | AAACAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGT‑‑TAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGT > USA300TCH1516_ALE/1539109‑1539385 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |