| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | G→T | 100% | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | 0 | G | T | 96.8% | 89.4 / ‑5.9 | 33 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (16/15); minor base A (1/1); total (17/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCA > USA300TCH1516_ALE/583984‑584253 | gTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTACGAGTTACCTATAACTTAAAAGTTATCCTGCCGAGGATAAAATTGAATTGAACGTGATGATCCATGATCTTTCAAGCATTTTTTGCCTTgg > 2:60072/1‑141 (MQ=255) tttcAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGa < 1:346505/138‑1 (MQ=255) ttACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGGGGCTAAAATTGATTTGAACGTGATAAGCAATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttttt > 2:6480/1‑141 (MQ=255) ttACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttttt > 2:368683/1‑141 (MQ=255) tgtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAAtt < 1:368683/141‑1 (MQ=255) gATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTa > 2:60013/1‑141 (MQ=255) attattTTACCTAAGAAAGTAAGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaa > 1:190568/1‑141 (MQ=255) tcTAAGAAAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATGTAGCCGGCCGAGAAAAAAAAAAAAATGAACGAGATGAGATATGATCTTTCAAGCACTCTTTGCCTAAGGTAGAAAGTGCTTTTTTTTTTTATTTTaaaaaaaaaaa < 2:352682/140‑5 (MQ=255) tAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTa > 1:163146/1‑141 (MQ=255) atttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTTTTATTTTTAAAAAAAACACCAACAATTGAAGTGGCgg > 2:341426/1‑141 (MQ=255) aCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGa < 2:98172/141‑1 (MQ=255) aCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTAAAGTTGCGGTGTCGGa > 1:224345/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAGGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAAt > 1:181210/1‑141 (MQ=255) aaaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTc < 2:340680/141‑1 (MQ=255) aaTTTATCCGGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCt < 1:108045/141‑1 (MQ=255) aTCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTAt > 2:333977/1‑141 (MQ=255) gggCTAAAATTGACTTGAACGTGAGGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCGAAGGACAAAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGc < 1:177060/140‑1 (MQ=255) aGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGc < 1:281044/141‑1 (MQ=255) ggCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCt < 2:347299/141‑1 (MQ=255) ggCTAAAATTGACTTGAACGTGAGGATCTATGATCTTTCAAGCAATTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCt < 2:1120/141‑1 (MQ=255) aTTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTCAAAaac > 1:156648/1‑141 (MQ=255) cTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGTGTCAAAAATTTAGATGTAGGTGTCTGTATGTCTTCTATCATTTACTCTATAAAATAACTa > 2:47666/1‑141 (MQ=255) cTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAACACCAAAAATATAAATAGAGGTGTCTGAATGTATGAGTTCATTGAAGATCAAAAAACACTa > 2:64609/1‑141 (MQ=255) ggTGATGATCTATGGTCTTTCAAGCAGTTTTTGCCTTGGGGAGAAAGTGGTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgat < 2:301219/140‑1 (MQ=255) cggtatgatctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgat < 2:301264/137‑1 (MQ=255) gTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTAAACAGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGGACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTtgatg > 2:79225/1‑141 (MQ=255) gatgatCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGaa < 1:60013/141‑1 (MQ=255) tgatctaagatatTTCAAGCACTTTTTGTATTGGGTAGAAAGTGTTTTTTTTATTAATCTTAAAAAACGCACCAAAAAATTAAATGTAGGTGTCTGCTTGTCTGCTATAAAAAAAAAAAAAAAACAACTAGTTGATGAAAt < 2:314361/141‑1 (MQ=255) atctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGt < 1:140677/141‑1 (MQ=255) tctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGCAGCTAAAAANCAANTNGTTGATGAAATTGCTGAGGTa > 1:267267/1‑141 (MQ=255) aCTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCCCGAAACCTCTCAACGGATTTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAAtt < 1:86459/141‑1 (MQ=255) aCTATTTGCCATGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAGATTTAAATGGAGGAGACCGAAAGACTGCAACCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGTAACTATCaaaat > 2:184665/1‑139 (MQ=255) tttttGCCTTGGGAAGAAAGTGCTTTTTTTATTAGTTTTAAAAAAAGCACCAAAAATGTAAATGGAGGTGTCTGAATGTATGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGTTGAGGTACTAGCAAGTTCa > 1:312935/1‑141 (MQ=255) | GTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCA > USA300TCH1516_ALE/583984‑584253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |