| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 707,909 | A→T | 100% | M1M (TTG→ATG) † | znuC_1 ← | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,909 | 0 | A | T | 96.4% | 79.6 / ‑4.4 | 27 | M1M (TTG→ATG) † | znuC_1 | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (11/15); total (12/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑AACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGA > USA300TCH1516_ALE/707782‑708041 | gAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATAcctc > 1:38279/1‑141 (MQ=255) aGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGAAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACGGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATAACG‑TTATCcctcct > 2:8019/1‑141 (MQ=255) aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg > 1:73972/1‑141 (MQ=255) ggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTTCTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc < 1:159397/141‑1 (MQ=255) gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:93759/141‑1 (MQ=255) attattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTATCATCAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtat < 1:368016/141‑1 (MQ=255) tCGCCGCTTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa < 2:2215/141‑1 (MQ=255) ccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTCGAGACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 1:194700/141‑1 (MQ=255) ccgcATAATAGTATCGATAAAGAAATGTTTTTAAGTACATGCATATAACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 2:88569/141‑1 (MQ=255) cTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAatat < 1:15307/141‑1 (MQ=255) tATCTATAAGTAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTGTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAt < 1:356702/141‑1 (MQ=255) ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATATACTGAGAATATTTATCATGTCAAg < 1:272362/141‑1 (MQ=255) gAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTAATCTAGTCaaat > 2:200942/1‑139 (MQ=255) aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 1:107402/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTAAGTACATGCTTATTGAATAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAt > 2:361166/1‑141 (MQ=255) aGTACATCCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGata < 1:174270/141‑1 (MQ=255) aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATATCAAGTAAATTCGTGatataata > 2:130679/1‑141 (MQ=255) taCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTCAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAat < 2:189343/141‑1 (MQ=255) aCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATCGTACACTTGAGTGTTAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACActg > 1:254364/1‑141 (MQ=255) tAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtat > 2:47536/1‑141 (MQ=255) aaaGAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATTCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATATCAAGTAAATTCGTAATATAATATAGACAATTTAtgtg > 2:274350/1‑141 (MQ=255) aaGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgg < 1:326099/140‑1 (MQ=255) aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTATGATAACCTATTTAATTTTATAATAAACTGAGAATCTTTATCAGGTAAAGTAACTTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGTTGa > 2:279128/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTTGTTTCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGt < 2:112472/141‑1 (MQ=255) tttCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTTAGTGGGGAGAAAGGATGTTAAcgg > 1:42632/1‑139 (MQ=255) tttCTAACA‑TACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGGGAAAGTATGTTAACTg > 1:18600/1‑141 (MQ=255) ttCTAACA‑TTCGTTTATACCTCCTAATTAATAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGAATAAAAAACTGAGAATATTAATCCTGTCAAGTAAATTCGAGATATAAAATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTaaaaaaa < 2:285480/141‑5 (MQ=255) | GAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACA‑AACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGA > USA300TCH1516_ALE/707782‑708041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |