| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 708,019 | T→C | 13.8% | intergenic (‑110/‑12) | znuC_1 ← / → ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 708,019 | 0 | T | C | 13.8% | 55.7 / 3.2 | 29 | intergenic (‑110/‑12) | znuC_1/ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/12); new base C (2/2); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
AAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAGCCTCCATCTGTAAGTGAA > USA300TCH1516_ALE/707880‑708153 | aaaGAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATTCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATATCAAGTAAATTCGTAATATAATATAGACAATTTAtgtg > 2:274350/1‑141 (MQ=255) aaGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgg < 1:326099/140‑1 (MQ=255) aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTATGATAACCTATTTAATTTTATAATAAACTGAGAATCTTTATCAGGTAAAGTAACTTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGTTGa > 2:279128/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGt < 2:112472/141‑1 (MQ=255) tttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTTAGTGGGGAGAAAGGATGTTAAcgg > 1:42632/1‑139 (MQ=255) tttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGGGAAAGTATGTTAACTg > 1:18600/1‑141 (MQ=255) ttCTAACATTCGTTTATACCTCCTAATTAATAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGAATAAAAAACTGAGAATATTAATCCTGTCAAGTAAATTCGAGATATAAAATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTaaaaaaa < 2:285480/141‑5 (MQ=255) taCCTCCTAATTAAGAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTAt > 2:253831/1‑141 (MQ=255) cttctAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTa < 1:288461/138‑1 (MQ=255) ttAAAAGTTTAGGCTAACCAAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCaa < 2:209387/141‑1 (MQ=255) gCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGaata > 1:333492/1‑141 (MQ=255) gCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGaata > 1:333546/1‑141 (MQ=255) aCCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATgg > 2:355722/1‑141 (MQ=255) aattaattGTATAATAAACTGAGAATATTTATCGTGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGCCGAt < 1:253831/141‑1 (MQ=255) aattaaatGTATAATAAACGAAGAATATTTAGCATGTCAAGTAAATTCGTGATAGAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGAt < 2:178653/141‑1 (MQ=255) ttaatgGAATAATAAACTGAGAATTCTTAGCATGTCAAGTAAATTCGTGATACAATATAGACACTGTCTGTGTGGTGAGAGTATGCTAGCTGAAGGAAAAGAGGACTATTTGACGGCAATCCTTACGAATCATGGCGATaa < 2:234500/141‑1 (MQ=255) taataaACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAAACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCACTCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTtgt > 1:16020/1‑141 (MQ=255) ataaACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAACACTATTGAAAGTCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGa > 1:121053/1‑141 (MQ=255) gaATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATaaaa > 1:90730/1‑141 (MQ=255) aatTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATAGAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCt < 1:227597/140‑1 (MQ=255) tttATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATATAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCtaa > 2:132145/1‑139 (MQ=255) aTCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGCGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAAt > 1:13095/1‑129 (MQ=255) aTCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGCGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAAt < 2:13095/129‑1 (MQ=255) aTCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGCGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAAt > 1:196532/1‑129 (MQ=255) aTCATGCAAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGCGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAAt < 2:196532/129‑1 (MQ=255) aGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTa < 1:47536/141‑1 (MQ=255) gTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAg > 2:24364/1‑141 (MQ=255) ataGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATGTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAGCCTCCATcgg > 2:79097/1‑139 (MQ=255) taGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAGCCTCCATCTGt < 2:333492/141‑1 (MQ=255) taGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAGCCTCCATCTGt < 2:333546/141‑1 (MQ=255) caacctatgtGAGGTGAAAGTATGTTATCTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAATCTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAGCCTCCATCTGTAAGt < 1:200942/136‑1 (MQ=255) tgtatgtGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAGCCTCCATCTGTAAGTGaa > 1:282926/1‑141 (MQ=255) tgtatgtGAGGGGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAGAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAGCCTCCATCCGTAAGTGaa > 1:78553/1‑141 (MQ=255) | AAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAGAGGACTATTTAAAGGCAATCCTTACGAATAATGGCGATAAAAACTTTGTGACAAATAAAATCTTATCTCAATTTTTAAATATTAAGCCTCCATCTGTAAGTGAA > USA300TCH1516_ALE/707880‑708153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |