| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,983,754 | A→G | 17.8% | K26K (AAA→AAG) | rluD_3 → | Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,983,754 | 0 | A | G | 17.8% | 45.2 / 4.3 | 23 | K26K (AAA→AAG) | rluD_3 | Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/4); new base G (2/2); total (17/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
AGTTATATTTCGGAGAACTGATTTGTGATATGATATTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATGTATTTGTTCCAACCATCGATGAAAAAAGTAATTATGTTCCAAGTTATCGTTA > USA300TCH1516_ALE/1983620‑1983894 | aGTTATATTTCGGAGAACTGATTTGTGATATGATATTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTa > 2:225192/1‑141 (MQ=255) cGGAGAACTGATTTGTGATATGATATTAAAGGCTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAGGTACCAGAAAACTTTACTGACGCTAGTTGAGGAGATATTTTCTAACAACTTAAGGTACCTAACAACGTTTTACGTCAtttgg > 1:177160/1‑139 (MQ=255) cGGAGAACTGATTTGTGATATGATATTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTAGATCATTTaa > 1:72786/1‑141 (MQ=255) ggAGAACTGATTTGTGATATGATATTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTaaa > 1:213742/1‑141 (MQ=255) tttGTGATATGATATTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAGGATTTACATCATTTAAATATGTCTaaa > 2:311335/1‑141 (MQ=255) tttGTGATATGATATTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAGGATTTACATCATTTAAATATGTCTaaa > 2:282813/1‑141 (MQ=255) atatgatatTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTGCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATAtt < 1:334974/141‑1 (MQ=255) tgatatTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACt > 2:176480/1‑141 (MQ=255) aaGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAGGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGa < 1:282813/141‑1 (MQ=255) aaGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAGGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGa < 1:311335/141‑1 (MQ=255) gcggaTTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTgcg < 1:147755/139‑1 (MQ=255) tATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAAGCTACGCGATTAAt > 1:50040/1‑141 (MQ=255) aTGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATg > 1:346832/1‑141 (MQ=255) aTGAAATTTAAAATACCAGAAAACGGTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTACGCGATTAATg > 2:302171/1‑141 (MQ=255) tttAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGAt > 2:62840/1‑141 (MQ=255) ttAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATg > 1:362477/1‑141 (MQ=255) cTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATGTATTTGt < 2:210769/141‑1 (MQ=255) ttAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGGGCATACTGGCGACGATGTATTTGtt < 1:335842/141‑1 (MQ=255) agaTATTTTCCAGCAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAACCCTGAGCGATTAATGGATAAAGTGCGTACTAGCGACGATGTATTTGTTCCCAACATcaa > 1:193380/1‑139 (MQ=255) aatatTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATGTATTTGTTCCAACCATCgcg > 2:178294/2‑139 (MQ=255) atTTTCCAACAACTTAGGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAATTGCATACTGGCCACGATGTATTTGTTCAATCCACCGATGaa > 1:74560/1‑141 (MQ=255) aacTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATGTATTTGTTCCAACCATCGATGAAAAAAGTAAtt > 1:236784/1‑141 (MQ=255) gTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATGTATTTGTTCCAACCATCGATGAAAAAAGTAATTATGTTCCa > 2:332143/1‑141 (MQ=255) aaGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATGTATTTGTTCCAACCATCGATGAAAAAAGTAATTATGTTCCAAGTTATCGtt < 1:129150/141‑1 (MQ=255) aGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATGTATTTGTTCCAACCATCGATGAAAAAAGTAATTATGTTCCAAGTTATCGTTa < 2:190283/141‑1 (MQ=255) | AGTTATATTTCGGAGAACTGATTTGTGATATGATATTAAAGACTATAGGAGGATTTTATGAAATTTAAAATACCAGAAAACTTTAATGACTTAAGTTTACGAGATATTTTCCAACAACTTAAGGTACCTAAAAAAGATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGTGCATACTGGCGACGATGTATTTGTTCCAACCATCGATGAAAAAAGTAATTATGTTCCAAGTTATCGTTA > USA300TCH1516_ALE/1983620‑1983894 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |