Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 2,337,959 C→T intergenic (‑125/‑283) adhR ← / → USA300HOU_RS11940 HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,337,9590CT96.8% 107.5 / NA 31intergenic (‑125/‑283)adhR/USA300HOU_RS11940HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base T (22/8);  minor base A (1/0);  total (23/8)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGAT  >  USA300TCH1516_ALE/2337830‑2338101
                                                                                                                                  |                                                                                                                                              
ttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTa                                                                                                                             <  2:189931/149‑1 (MQ=255)
                 ttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTAAAAAAAAAAAAAAATTGTATaa                                                                                                            <  2:82953/149‑1 (MQ=255)
                     gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                        >  2:132369/1‑149 (MQ=255)
                     gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                        >  1:169141/1‑149 (MQ=255)
                     gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                        >  2:7222/1‑149 (MQ=255)
                         tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata                                                                                                    >  1:35144/1‑149 (MQ=255)
                         tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata                                                                                                    >  1:69534/1‑149 (MQ=255)
                           tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTCTTATTAAC‑TTCTCTCTTTTATCGATATCAATTAATTTAAAAATTGTATAACTTCAATAtt                                                                                                  >  1:235441/1‑149 (MQ=255)
                           tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                                  >  1:20932/1‑149 (MQ=255)
                           tttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTAACACC‑TTATCAACATATAAAAACACATATATTTTCATTAGTTTAAAATTTGTATAACTTAAATAtt                                                                                                  >  1:235447/1‑149 (MQ=255)
                            ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAttt                                                                                                 >  2:57936/1‑149 (MQ=255)
                                tcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTACATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTTTTTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaaa                                                                                             >  2:62980/1‑149 (MQ=255)
                                    cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGat                                                                                         >  1:154157/1‑149 (MQ=255)
                                                     tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGa                                                                        >  1:31551/1‑149 (MQ=255)
                                                     tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGa                                                                        >  1:8317/1‑149 (MQ=255)
                                                          atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataata                                                                   >  1:149481/1‑149 (MQ=255)
                                                          atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataata                                                                   >  2:11943/1‑149 (MQ=255)
                                                           ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                                  >  1:269145/1‑149 (MQ=255)
                                                              tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                               >  2:267934/1‑149 (MQ=255)
                                                              tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                               >  2:90238/1‑149 (MQ=255)
                                                                            aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAatt                                                 >  1:186885/1‑149 (MQ=255)
                                                                              aCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAattat                                               >  2:79391/1‑149 (MQ=255)
                                                                                   ttattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAg                                          >  2:50141/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                 tt‑tttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg            <  2:71295/148‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    tttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg          >  1:219171/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                       ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa       <  1:277544/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        tAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGAt      >  1:156245/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                                         aaCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATc     <  2:188984/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGa   <  1:118142/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGAt  <  1:214664/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGAt  <  1:121725/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  |                                                                                                                                              
TTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGAT  >  USA300TCH1516_ALE/2337830‑2338101

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑