New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 325 (1.130) | 14 (0.060) | 10/140 | NT | 5.1% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 237 (0.940) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/646755‑646656 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGA > USA300TCH1516_ALE/646692‑646781 ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG > 2:3894315/1‑91 ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG < 1:4918838/91‑1 ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAG > 1:3628958/1‑91 TGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGG < 2:3532851/91‑1 TGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGG > 2:2968733/1‑91 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TCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGT > 2:2727743/1‑91 AATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAACATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA < 1:4325611/91‑1 AATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA < 1:628532/91‑1 AATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA < 1:4050676/91‑1 AATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA < 1:4224076/91‑1 AATGTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA < 2:3274393/91‑1 CAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCA > 2:4563248/1‑91 CAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCA > 2:1750380/1‑91 AAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTA > 1:1740868/1‑91 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AAACGATAACTAGAAAGGGGCTGATATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATT > 2:1059259/1‑91 AACGATAACTCGAAAGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATCAATATGTTATTGAACTAATATTTAAATTGAACATCATTA > 2:1466109/1‑91 GGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGA > 1:537178/1‑91 aGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGAT < 2:1205805/90‑1 GGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGAT < 1:775937/91‑1 GGCTGTTATTTTTGAAGGAATCCAAAAAAGGGATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGATCATCATTAAATTAAAAGTAATGATA < 2:5369250/91‑1 GGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATA > 2:1764950/1‑91 GGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATA > 1:3645507/1‑91 GGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATA < 2:4979363/91‑1 GGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATA > 1:178853/1‑91 GGCTGTTAGTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATA < 2:2668564/91‑1 GCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATAT > 1:2844245/1‑91 GCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATAT < 1:2146487/91‑1 GCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATAT > 2:68131/1‑91 GCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATAT < 2:4760197/91‑1 GCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATAT < 2:3555944/91‑1 TGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTCTTGACCTAATAGTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGA > 1:4694793/1‑91 TGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGA < 1:3870391/91‑1 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ATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGA < 2:1145997/91‑1 ATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGA > 2:3401332/1‑91 ATGATGTTCAATTTAAATATTAGGTCAATAACATATTTATGCTTTTTATGGATACTTTCAAAAATAACAGCCCCAAACGATAACTTGAAAGGGGCTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/646755‑646656 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggctgttaTTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCATTAAATTAAAAGTAATGATATGATGGA > USA300TCH1516_ALE/646692‑646781 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |