New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 760026 = | 292 (1.020) | 18 (0.080) | 12/132 | NT | 8.2% | coding (1674/1674 nt) | USA300HOU_RS03705 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 760070 = | 162 (0.690) | intergenic (+44/+83) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/760129‑760026 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTT > USA300TCH1516_ALE/760070‑760159 AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT > 2:4971514/1‑91 AGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT < 1:2496960/91‑1 GTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATC < 1:125047/91‑1 GTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGAAAAAAAAAAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATC < 2:1214749/91‑1 TAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCA < 2:735192/91‑1 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TGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGC > 1:3771981/1‑91 GTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCA < 1:181554/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:5406414/91‑1 TTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:1684931/91‑1 TTTAGAACTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 1:4506038/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGT < 1:1424463/91‑1 TTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGT > 2:1207177/1‑91 TAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTT < 2:3040666/91‑1 TAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTT > 2:2057546/1‑91 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|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |