New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1058109 | 220 (0.770) | 19 (0.070) | 12/144 | NT | 8.2% | intergenic (+150/+57) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1058143 | 225 (0.870) | intergenic (+184/+23) | slyA_2/atl_1 | Transcriptional regulator SlyA/Bifunctional autolysin |
GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1058012‑1058109 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatcaaaAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGATCCCTTTTTTATACATACACAAGCAAAAATAGCGGTGATTGTTTACCATC < USA300TCH1516_ALE/1058143‑1058055 GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATTGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 2:5478355/91‑1 GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 2:90296/91‑1 GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 2:577974/91‑1 GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 1:4765595/91‑1 GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGG < 1:2155262/91‑1 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AATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGATTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGA < 1:5234239/91‑1 TTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACC < 1:3491924/91‑1 TTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACC < 1:1232533/91‑1 GATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTT < 1:1355486/91‑1 GGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGA < 1:3965062/91‑1 AACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGATCCC < 1:3414267/91‑1 GGATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGATCCCTTTTTTATACATACACAAGCAAAAATAGCGGTGATTGTTT > 1:3291921/1‑91 ATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGATCCCTTTTTTATACATACACAAGCAAAAATAGCGGTGATTGTTTAC < 1:3468239/91‑1 ATCAAAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGATCCCTTTTTTATACATACACAAGCAAAAATAGCGGTGATTGTTTAC < 2:2396469/91‑1 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AAAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGATCCCTTTTTTATACATACACAAGCAAAAATAGCGGTGATTGTTTACCATC > 1:3226796/1‑91 GAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATGGTAAACAATCACCGCTATTTTTGCTTGTGTATGTATAAAAAAGGGATCAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1058012‑1058109 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatcaaaAGTCATCCCCCACTATCAATCATGGGGGATGACCTTTGATCCCTTTTTTATACATACACAAGCAAAAATAGCGGTGATTGTTTACCATC < USA300TCH1516_ALE/1058143‑1058055 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |