New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2062959 = | 321 (1.120) | 13 (0.050) | 7/132 | NT | 5.3% | intergenic (+40/+150) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
? | USA300TCH1516_ALE | 2063001 = | 198 (0.840) | intergenic (+82/+108) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TTGGACGAGTGGTAACGAAACGTATACCGCAGCATCGTGTAAAAACAATACAAACAAAAGAAAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2063062‑2062959 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atccttggttgactTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTT > USA300TCH1516_ALE/2063001‑2063090 TTGGACGAGTGGTAACGAAACGTATACCGCAGCATCGTGTAAAAACAATACAAACAAAAGAAAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 1:1987088/91‑1 TGGACGAGTGGTAACGAAACGTATACCGCAGCATCGTGTAAAAACAATACAAACAAAAGAAAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAAT > 2:2017091/1‑91 TGGACGAGTGGTAACGAAACGTATACCGCAGCATCGTGTAAAAACAATACAAACAAAAGAAAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAAT > 2:1946757/1‑91 TGGACGAGTGGTAACGAAACGTATACCGCAGCATCGTGTAAAAACAATACAAACAAAAGAAAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAAT > 2:1047702/1‑91 GGACGAGTGGTAACGAAACGTATACCGCAGCATCGTGTAAAAACAATACAAACAAAAGAAAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATC > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |