New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | 34 = | 387 (0.340) | 44 (0.040) | 16/146 | NT | 8.5% | intergenic (–/‑198) | –/repA | –/replication protein A |
? | CP000731 | 65 = | 597 (0.580) | intergenic (–/‑167) | –/repA | –/replication protein A |
Only 100 of 1461 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAT > CP000731/1‑124 | tatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACaaa > 2:3831997‑M1/58‑91 (MQ=255) gatttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattacca > 2:88210‑M1/91‑91 (MQ=255) atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACaaaa < 2:1025162‑M1/35‑1 (MQ=255) atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACaaaa < 2:4145092‑M1/35‑1 (MQ=255) tttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaaa < 1:3843893‑M1/3‑1 (MQ=255) ttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAc > 2:4888880‑M1/55‑91 (MQ=255) taggtgcttgcactaaaatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcc > 2:1285461‑M1/87‑91 (MQ=255) atcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAccc < 1:2244208‑M1/39‑1 (MQ=255) aggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAccc > 1:497485‑M1/86‑91 (MQ=255) aggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAccc < 1:5058253‑M1/6‑1 (MQ=255) tcaagggtttatacacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcccc < 2:5504702‑M1/40‑1 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAGAAcccc < 2:5171565‑M1/40‑1 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcccc > 1:2871126‑M1/52‑91 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATAAAACAAAAAcccc < 2:3745230‑M1/40‑1 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:4054845‑M1/85‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 1:4921064‑M1/85‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc < 1:4145092‑M1/7‑1 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:2375082‑M1/85‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:3021395‑M1/85‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc < 2:5333038‑M1/7‑1 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:5089727‑M1/85‑91 (MQ=255) caagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCa < 1:27335‑M1/41‑1 (MQ=255) gggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAact < 1:3043189‑M1/44‑1 (MQ=255) ggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAacta < 2:1164755‑M1/45‑1 (MQ=255) ttttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATGTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAactac > 2:4571745‑M1/46‑91 (MQ=255) gtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAactac < 2:808621‑M1/46‑1 (MQ=255) gtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAactac < 1:4833771‑M1/46‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:3930530‑M1/49‑1 (MQ=255) ataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGt > 1:2351753‑M1/42‑91 (MQ=255) ataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGt < 1:2120255‑M1/50‑1 (MQ=255) ataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGt < 1:5294293‑M1/50‑1 (MQ=255) taaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTa > 2:2774136‑M1/41‑91 (MQ=255) taaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTa > 2:3926816‑M1/41‑91 (MQ=255) aaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTaa > 1:200103‑M1/40‑91 (MQ=255) aaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTaa < 1:2525343‑M1/52‑1 (MQ=255) gatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATa > 2:646775‑M1/71‑91 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAg < 1:5134551‑M1/55‑1 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGt > 1:1546873‑M1/36‑91 (MQ=255) cttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTc < 2:706637‑M1/57‑1 (MQ=255) tgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCgg < 1:5593198‑M1/59‑1 (MQ=255) tgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCgg < 2:2837946‑M1/59‑1 (MQ=255) gataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCggg > 1:1314579‑M1/32‑91 (MQ=255) gataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCggg < 1:614092‑M1/60‑1 (MQ=255) gataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCggg < 2:3568423‑M1/60‑1 (MQ=255) aataaagctatattttccctttcatacatttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCggg > 2:5566337‑M1/32‑91 (MQ=255) taaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGt > 2:3993754‑M1/30‑91 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGtt < 2:3487835‑M1/63‑1 (MQ=255) agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACCAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGgtttt < 2:5618175‑M1/65‑2 (MQ=255) agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTg < 2:1500342‑M1/65‑1 (MQ=255) ctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGt < 2:3128494‑M1/67‑1 (MQ=255) atattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaa > 2:3668708‑M1/23‑91 (MQ=255) atattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaa > 2:2604815‑M1/23‑91 (MQ=255) taatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat > 1:1113046‑M1/55‑91 (MQ=255) attttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaata < 1:2188327‑M1/71‑1 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATCACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGCCGGGGTTTGGtactaa < 1:3220722‑M1/72‑1 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa < 1:1208694‑M1/72‑1 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa < 1:540682‑M1/72‑1 (MQ=255) ttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATaaaa < 1:2606154‑M1/74‑1 (MQ=255) tcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAAc > 1:3336106‑M1/17‑91 (MQ=255) tttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTa < 1:3682260‑M1/80‑1 (MQ=255) ttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTtag < 2:610060‑M1/81‑2 (MQ=255) tataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGa < 1:4570329‑M1/82‑1 (MQ=255) tataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGa > 2:1768983‑M1/10‑91 (MQ=255) tataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGa > 2:444750‑M1/10‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:2408077‑M1/7‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:1432437‑M1/7‑91 (MQ=255) agtttATCTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt > 1:4493063‑M1/6‑91 (MQ=255) gtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAACAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTg > 1:1680072‑M1/5‑91 (MQ=255) tttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt > 1:3551462‑M1/4‑91 (MQ=255) tttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt < 1:3743133‑M1/88‑1 (MQ=255) tttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt < 1:1890587‑M1/88‑1 (MQ=255) ttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtt < 2:4319184‑M1/89‑1 (MQ=255) tATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGCGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGttt > 1:5514839‑M1/2‑91 (MQ=255) tttAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttat > 2:2496645/1‑91 (MQ=255) tttAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttat > 1:877766/1‑91 (MQ=255) ttAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttatt < 1:813247/91‑1 (MQ=255) tAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattt < 2:2243865/91‑1 (MQ=255) aaaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattta < 1:4238703/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |