New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | = 4373 | 310 (0.270) | 234 (0.050) | 31/148 | NT | 21.6% | intergenic (+338/‑127) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
? | NC_012417 | = 1986 | 1408 (0.170) | intergenic (+219/+107) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 1158 total aligned reads displayed.
TGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTA > CP000731/4283‑4463 | tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG < 2:2834957‑M1/91‑1 (MQ=255) tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG > 1:2125029‑M1/1‑91 (MQ=255) gCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGACCCCTTCACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGCGCTATTAAGCCGACCATTCGc > 2:5004845‑M1/1‑90 (MQ=255) gaagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGacaagtttagttaagggttcttctc > 1:3015610‑M1/1‑66 (MQ=255) aaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCACAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGactgcaagtttagttaagggttcttctca > 2:3348051‑M1/1‑62 (MQ=255) cAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGacaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggc > 1:4435901‑M1/1‑44 (MQ=255) cAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGacaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggc > 1:1737616‑M1/1‑44 (MQ=255) cAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATCCGacaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggc > 2:3795653‑M1/1‑44 (MQ=255) aGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGacaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggca > 2:1811017‑M1/1‑43 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcata > 1:2231954‑M1/1‑38 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcata > 1:4983578‑M1/1‑38 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatg > 1:2952609‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatg > 2:3582501‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGactgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatg > 2:4731641‑M1/1‑34 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataagtgcgtc > 1:4726482‑M1/1‑30 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAg > 1:2047492/1‑91 (MQ=31) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAg < 1:3791354/91‑1 (MQ=31) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTACGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATGGGAATAAAg < 2:2011380/91‑1 (MQ=9) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcg > 1:1794781‑M1/1‑29 (MQ=255) aTAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGacaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtct > 1:2660423‑M1/1‑29 (MQ=255) tAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCa > 1:2355402/1‑91 (MQ=33) tAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCa > 2:5571938/1‑91 (MQ=33) 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gAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattt > 1:1005911‑M1/1‑22 (MQ=255) gAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAGAGCACCTATg < 2:2117011/91‑1 (MQ=255) gAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATg < 2:3066409/91‑1 (MQ=40) gAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATg < 1:1229558/91‑1 (MQ=40) gAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATg > 2:4549461/1‑91 (MQ=40) aGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGa < 2:1515862/91‑1 (MQ=255) aGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGa < 1:3329344/91‑1 (MQ=255) aGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTCGAATAAAGCACCTATGa < 2:2618812/91‑1 (MQ=255) aGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGCGTTCCGATGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGa > 2:4048843/1‑91 (MQ=255) tATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGatta < 2:3144114/91‑1 (MQ=255) ttAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGattatt > 2:53403/1‑91 (MQ=255) tAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTAttt > 1:650460/1‑91 (MQ=255) cGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaaaa < 1:4148594/91‑1 (MQ=255) gACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttca > 2:2524018‑M1/1‑9 (MQ=255) gACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAat > 1:583766/1‑91 (MQ=255) aCCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAata > 1:454918/1‑91 (MQ=255) aCCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAata > 2:1593608/1‑91 (MQ=255) ccATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAatat > 1:4650209/1‑91 (MQ=255) cATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatga > 2:1913793‑M1/1‑6 (MQ=255) cATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatga > 1:3410696‑M1/1‑6 (MQ=255) aTTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataactgcgtcgtctattttttattatcttcatgat < 1:5520635‑M1/91‑87 (MQ=255) aTTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgat > 1:1114971‑M1/1‑5 (MQ=255) aTTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgat > 1:3140330‑M1/1‑5 (MQ=255) aTTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgat < 1:481667‑M1/91‑87 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |