New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2207841 = | 283 (0.980) | 15 (0.060) | 9/142 | NT | 6.0% | intergenic (+202/+62) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2207874 = | 221 (0.870) | intergenic (+235/+29) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein |
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
TCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACGAG > USA300TCH1516_ALE/2207784‑2207964 | tctAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTa < 2:3304190/91‑1 (MQ=255) ctAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCAAGAAAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTaa < 2:5187272/91‑1 (MQ=255) aaaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACg < 1:4072800/91‑1 (MQ=255) gagGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtg < 2:703582/91‑1 (MQ=255) gagGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtg > 2:4328493/1‑91 (MQ=255) agGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgt > 2:1334993/1‑91 (MQ=255) gggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtg < 2:5302766/91‑1 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 2:4132868/1‑91 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 1:416222/1‑91 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 2:1489957/1‑91 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 1:2905545/1‑91 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 1:4437613/1‑91 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 1:52870/1‑91 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 1:4753293/1‑91 (MQ=255) 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tatataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACaa > 1:1099770/1‑91 (MQ=255) atataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAAt < 1:2024261/91‑1 (MQ=255) atataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAAt < 1:4018037/91‑1 (MQ=255) atataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTCATTCACAAt > 2:5359981/1‑91 (MQ=255) tataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATc > 1:2296261/1‑91 (MQ=255) tataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATc < 1:1289519/91‑1 (MQ=255) aGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATcaca < 1:3305631/91‑1 (MQ=255) gTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAg < 1:260278/91‑1 (MQ=255) tACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGt < 1:5066525/91‑1 (MQ=255) aCTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTc < 2:607719/91‑1 (MQ=255) aCTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTc > 1:5350149/1‑91 (MQ=255) ttGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCaa > 1:1606801/1‑91 (MQ=255) tGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAat > 1:3641272/1‑91 (MQ=255) tGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAat > 2:1038975/1‑91 (MQ=255) gCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAatt > 2:4627236/1‑91 (MQ=255) tttCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAattat > 1:3480909/1‑91 (MQ=255) ttCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAattatt < 2:1855497/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAattatt < 1:2399662/91‑1 (MQ=255) tgattgtgaatcacacaccgttAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATATCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTAtttt > 2:3661555‑M1/23‑91 (MQ=255) gattgtgaatcacacaccgttAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTCTTTTa < 2:5438654‑M1/70‑1 (MQ=255) ttAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAAtt > 1:3148207/1‑91 (MQ=255) taaGTAAACCCATCCAAAAACGCTTTCACCGAATCGTCCGACGTTACTTTTAACGGTGTGGGATTCACAATCACAGTCATGTATTTTAAtt < 2:4708943/89‑1 (MQ=255) tAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTc < 2:4969398/91‑1 (MQ=255) aGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCg < 1:1543147/91‑1 (MQ=255) aGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCg > 2:4822016/1‑91 (MQ=255) gTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGt > 2:1354763/1‑91 (MQ=255) tAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTg > 1:1831134/1‑91 (MQ=255) tAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTg > 2:4190168/1‑91 (MQ=255) aTCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGact < 2:4474914/91‑1 (MQ=255) tCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGactt < 1:1218961/91‑1 (MQ=255) tCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGactt < 2:4306767/91‑1 (MQ=255) cAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGacttat > 2:2796222/1‑90 (MQ=255) 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aaaaGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTttatta > 1:5053142/1‑91 (MQ=255) aaaaGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTttatta > 2:5287345/1‑91 (MQ=255) AAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAg < 2:3496483‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGa < 2:2629879‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTGAATTCGTGACTTACTTTATTAGAt > 1:5461784‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATg < 2:3959153‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATg < 1:1122098‑M1/91‑1 (MQ=255) tcgtcggactattcgatgatagctttAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTgg > 1:61888‑M2/27‑91 (MQ=255) tcgtcggactattcgacgatagctttAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTgg > 2:3257657‑M2/27‑91 (MQ=255) TCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTgg < 2:3181769‑M1/91‑1 (MQ=255) TCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTgg > 1:2780214‑M1/1‑91 (MQ=255) TCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTgg > 1:382240‑M1/1‑91 (MQ=255) TCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTgg < 1:5582582‑M1/91‑1 (MQ=255) TCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTgg < 2:25752‑M1/91‑1 (MQ=255) caacGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGc < 2:4988028/88‑1 (MQ=255) tcGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCaa > 2:835650/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |