New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | = 64 | 674 (0.590) | 16 (0.020) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
8/94 | NT | 7.5% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– |
Only 100 of 1294 total aligned reads displayed.
ACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26951‑27041 | aCCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGttt < 1:3267096/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTa > 2:115465‑M2/1‑90 (MQ=255) ctttaaataaacttataaaagggaaaatatagcTTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATaagtttatt > 1:2098864‑M2/34‑88 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 1:1396439‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 1:569574‑M2/1‑87 (MQ=255) tttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTCTAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattta > 2:4037665‑M2/1‑86 (MQ=255) tATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaa < 1:2424465‑M2/91‑8 (MQ=255) tATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaa > 1:2533112‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaag < 1:4340022‑M2/91‑9 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaag > 1:4262619‑M2/1‑83 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaag < 1:2807557‑M2/91‑9 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaag < 1:556621‑M2/91‑9 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGTGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 2:509585‑M2/1‑80 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 1:2937495‑M2/1‑80 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 2:4627809‑M2/1‑80 (MQ=255) aGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgct < 1:1672138‑M2/91‑13 (MQ=255) gggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgcta < 2:5011159‑M2/91‑14 (MQ=255) ggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctat > 2:2243069‑M2/1‑77 (MQ=255) gTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctata > 2:3693510‑M2/1‑76 (MQ=255) tATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataata < 1:4038061‑M2/91‑19 (MQ=255) aTGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataa > 2:5215172‑M2/1‑72 (MQ=255) aTGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataa < 2:1067392‑M2/91‑20 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac < 1:5290969‑M2/91‑22 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac > 1:2717319‑M2/1‑70 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac > 2:214991‑M2/1‑70 (MQ=255) aaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactt > 1:762136‑M2/1‑68 (MQ=255) aaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactt > 1:5381534‑M2/1‑68 (MQ=255) aaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactt < 2:2374880‑M2/91‑24 (MQ=255) aaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactt > 1:5063142‑M2/1‑68 (MQ=255) aGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactta < 2:3196932‑M2/91‑25 (MQ=255) tttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaata > 1:4184676‑M2/1‑64 (MQ=255) ttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatat < 2:2899708‑M2/91‑29 (MQ=255) aTGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataa > 1:5140309‑M2/1‑61 (MQ=255) aTGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataa > 2:4120909‑M2/1‑61 (MQ=255) tGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataac > 2:1603612‑M2/1‑60 (MQ=255) tGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataac > 1:4461648‑M2/1‑60 (MQ=255) gATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgttataattaaattaatataaca < 2:906191‑M2/91‑33 (MQ=255) gATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataaca < 1:1338897‑M2/91‑33 (MQ=255) gATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataaca < 2:4805981‑M2/91‑33 (MQ=255) atatTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaa < 1:4964246‑M2/91‑34 (MQ=255) atTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctatactaaacttaatataacaaaa < 2:3898930‑M2/91‑36 (MQ=255) tATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacc < 1:1497576‑M2/91‑39 (MQ=255) cAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccca < 1:26253‑M2/91‑42 (MQ=255) aGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaac > 1:3143019‑M2/1‑48 (MQ=255) aGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaac < 1:3654000‑M2/91‑44 (MQ=255) aGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaac < 1:3400954‑M2/91‑44 (MQ=255) gTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactac < 1:4833771‑M2/91‑47 (MQ=255) gTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactac < 2:808621‑M2/91‑47 (MQ=255) tttATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactact < 1:3809185‑M2/91‑48 (MQ=255) ttATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactg < 2:130432‑M2/91‑49 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 2:3544771‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:54881‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:3929919‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:1795574‑M2/91‑50 (MQ=255) ataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacaaaatataaaaaaaaccccaactactggt > 2:2476216‑M2/1‑41 (MQ=255) taAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggta < 2:1364283‑M2/91‑52 (MQ=255) taAACACATGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataatacacttaatataacaaaaaacccaactactggta < 2:3046339‑M2/91‑52 (MQ=255) aaaCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaa > 1:200103‑M2/1‑39 (MQ=255) aaCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaat < 2:3970165‑M2/91‑54 (MQ=255) cccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatag > 2:575454‑M2/1‑36 (MQ=255) cccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatag < 2:4329175‑M2/91‑56 (MQ=255) ttGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcg < 1:656921‑M2/91‑59 (MQ=255) ttGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTaattaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcg > 2:2712964‑M2/1‑33 (MQ=255) tGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgg < 2:1986977‑M2/91‑60 (MQ=255) tGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgg < 1:3054501‑M2/91‑60 (MQ=255) tGATAAAGCTATATTTTCCATATTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgt > 2:706183‑M2/1‑32 (MQ=255) gATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatatagcaaaaaccccaactactggtaatagtcggg > 2:3814703‑M2/1‑31 (MQ=255) gATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggg < 2:2785799‑M2/91‑61 (MQ=255) aatAAAGCTATATTTTCCCTTTCATACATTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggg > 2:5566337‑M2/2‑31 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgggg > 2:4680399‑M2/1‑30 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgggg < 1:2138912‑M2/91‑62 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgggg < 1:1231691‑M2/91‑62 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgggg < 1:1004754‑M2/91‑62 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTGTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgggg > 2:3287601‑M2/1‑30 (MQ=255) tAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaacaactggtaatagtcggggt < 1:4729951‑M2/91‑63 (MQ=255) gCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttgg > 2:533663‑M2/1‑25 (MQ=255) cTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggt > 1:2234715‑M2/1‑24 (MQ=255) cTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggt > 2:1897290‑M2/1‑24 (MQ=255) 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tataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttaga > 2:444750‑M2/1‑9 (MQ=255) tataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttaga > 1:463505‑M2/1‑9 (MQ=255) tataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttaga > 2:1768983‑M2/1‑9 (MQ=255) ataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaa > 2:1685612‑M2/1‑8 (MQ=255) ataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaa < 1:3506682‑M2/91‑84 (MQ=255) ataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccaaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaa < 1:2373975‑M2/91‑84 (MQ=255) aaGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaac > 2:4516654‑M2/1‑6 (MQ=255) gTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactg > 1:4924216‑M2/1‑4 (MQ=255) tttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgt > 2:260170‑M2/1‑3 (MQ=255) tttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgt < 2:5422705‑M2/91‑89 (MQ=255) tttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgt < 1:3715854‑M2/91‑89 (MQ=255) tttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgt < 1:1890587‑M2/91‑89 (MQ=255) tttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgt < 2:4227050‑M2/91‑89 (MQ=255) ttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgtt > 1:227906‑M2/1‑2 (MQ=255) | ACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26951‑27041 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |