Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,435,065 | C→G | 7.6% | A141G (GCT→GGT) | dapH → | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,435,065 | 0 | C | G | 7.6% | 714.7 / 9.1 | 216 | A141G (GCT→GGT) | dapH | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/131); new base G (16/2); total (83/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGA > USA300TCH1516_ALE/1434975‑1435155 | cTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGc > 1:504747/1‑91 (MQ=255) cTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGc < 1:2851122/91‑1 (MQ=255) cTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGc > 2:1858074/1‑91 (MQ=255) tGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTTCAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCt < 2:3305155/91‑1 (MQ=255) gTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTAcca > 2:4242837/1‑89 (MQ=255) gTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACaa > 1:4766576/1‑91 (MQ=255) gTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACaa < 1:4920367/91‑1 (MQ=255) ttATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAAc < 1:4056777/91‑1 (MQ=255) ttATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAAc > 1:1791372/1‑91 (MQ=255) tATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGCTACCACt > 2:192162/1‑91 (MQ=255) tgatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTgg < 1:2226006/91‑1 (MQ=255) atgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTa > 2:5184762/1‑91 (MQ=255) atgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTa > 1:9092/1‑91 (MQ=255) atgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTCGTACCACtaaaa > 2:625953/1‑87 (MQ=255) tgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaa < 2:1205268/91‑1 (MQ=255) gggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaa < 2:1393955/91‑1 (MQ=255) ggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaaa > 1:4561027/1‑91 (MQ=255) gcgcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTCGTACCACTGGaaaaaa > 2:4908373/1‑91 (MQ=255) cgcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTACCATTGGTaaaaaa > 2:694356/1‑90 (MQ=255) cgcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGCTACAACTGGaaaaaaa > 2:3241124/1‑90 (MQ=255) caacaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACCACTGGTAAAAATGt > 2:5334791/1‑91 (MQ=255) aacaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTa > 1:509077/1‑91 (MQ=255) acaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc < 2:1495000/91‑1 (MQ=255) acaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc > 1:1011069/1‑91 (MQ=255) caaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACa < 1:5408415/91‑1 (MQ=255) aaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACAt < 2:85070/91‑1 (MQ=255) tttAATGTTGGCGAGGTCGTTGGCGAAGGTTCAGTGATTGTTATGAATGCTGCTCTCTGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATg < 2:4502964/90‑1 (MQ=255) aTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTAGAATGATTGATATGAATGCTACTCTCTGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAGAATGTACATg > 1:5166574/1‑91 (MQ=255) aTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATg < 1:4815007/91‑1 (MQ=255) ttAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGt < 1:59895/91‑1 (MQ=255) ttAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGt > 1:651855/1‑91 (MQ=255) ttAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGt < 1:1945124/91‑1 (MQ=255) aaTATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAg < 2:4422996/91‑1 (MQ=255) tatTGGGGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAggg < 2:1094926/91‑1 (MQ=255) tatTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAggg < 1:329986/91‑1 (MQ=255) taatGGCGCAGGCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAggg < 2:5435541/88‑1 (MQ=255) atTGGCGCAGTCATTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAgggg < 2:3655262/91‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGc < 1:3231607/91‑1 (MQ=255) 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ttgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAcc > 1:1488167/1‑91 (MQ=255) ttgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAcc < 1:2932521/91‑1 (MQ=255) ttgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGCGCCGGCGCAGTATTAGCAGGTTTGATTGAAcc > 1:850338/1‑91 (MQ=255) tgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAGAAAAAAAATACATGTAGGGGCCGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccc > 2:2883796/1‑91 (MQ=255) atatGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccccc < 1:4867620/91‑1 (MQ=255) ttgtaTGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAGAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTa < 2:2385926/87‑1 (MQ=255) gAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGt < 1:3657587/91‑1 (MQ=255) gAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGt < 1:3360920/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |