Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,063,805 | +T | coding (684/1218 nt) | ywtF ← | Putative transcriptional regulator YwtF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,063,804 | 1 | . | T | 95.3% | 419.1 / 12.8 | 128 | coding (685/1218 nt) | ywtF | Putative transcriptional regulator YwtF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base T (56/66); total (59/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AATTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑A‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATC > USA300TCH1516_ALE/1063664‑1063939 | aaTTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGa‑a < 1:996582/141‑1 (MQ=255) aTTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑A‑t < 1:960614/141‑1 (MQ=255) tttCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑A‑tt < 2:383467/141‑2 (MQ=255) catcatTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATc < 2:1007955/141‑1 (MQ=255) tGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCttaatta > 1:472832/1‑141 (MQ=255) tGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCttaatta > 1:953395/1‑141 (MQ=255) tGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATAACGTTATCAAGTTTCTCAATAGAATAAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCttattta > 2:1004112/1‑141 (MQ=255) tttAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCCACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCttaattaa < 1:827094/140‑1 (MQ=255) gTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATATAATCAACGTCC‑AGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCttaattaa > 1:219528/1‑141 (MQ=255) tACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCAt > 1:959561/1‑141 (MQ=255) cATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCAttt > 2:478594/1‑141 (MQ=255) tGCTAAAGCTTTAACTTCAGAGTTAATTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGtt > 1:657593/1‑141 (MQ=255) tGCTAAAGATTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCCTTTTTACATACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGGATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGACT‑TAAAATCTTAATTAATTCCCTTTGTCGtt > 2:879461/1‑141 (MQ=255) tcTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTGATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTg < 2:104627/140‑1 (MQ=255) gCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTg > 1:273418/1‑141 (MQ=255) tttAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGtt > 1:764295/1‑141 (MQ=255) tAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTCACTACAATTTGTATCACGTTATCAAGTTTAAAAATTTGATCAACTAAC‑AATTG‑TGTT‑TTGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGtttt < 1:1176476/141‑1 (MQ=255) aaTTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGGTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGTCGTTGTCCACGTTTTa < 1:974000/141‑1 (MQ=255) aattCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTaa < 1:682153/139‑1 (MQ=255) tttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TTGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTCAg > 1:351112/1‑141 (MQ=255) ttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACTTTGTCCATGTTTTAGGt > 1:306609/1‑141 (MQ=255) cAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTTCACGTTTTAAGttg > 1:1106325/1‑139 (MQ=255) cAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCt < 2:680417/141‑1 (MQ=255) cAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCt < 2:952036/141‑1 (MQ=255) agagTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTg > 1:841889/1‑141 (MQ=255) gagTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGa > 1:1035605/1‑141 (MQ=255) gttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAATTCTGAAt < 1:746738/141‑1 (MQ=255) gttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAAt < 2:292389/141‑1 (MQ=255) ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCAGGTTTTAAGTCTGAATc > 1:153430/1‑141 (MQ=255) ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTACGTCTGAAta > 2:249092/1‑140 (MQ=255) ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTTTGAAta > 2:738024/1‑140 (MQ=255) ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATc > 1:410080/1‑141 (MQ=255) ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATc > 1:988107/1‑141 (MQ=255) tagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCa < 2:505409/141‑1 (MQ=255) aaaTTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCatgatg < 2:192333/141‑1 (MQ=255) tatgaTGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATTAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGt < 2:814964/137‑1 (MQ=255) ttATGCTTTACAATTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCt < 2:419680/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTTACCTACACTTTGTAACACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 2:834017/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 1:471501/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 2:272601/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 2:9446/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt > 1:673207/1‑141 (MQ=255) tttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTG‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 1:1099060/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTGACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGACTCAACTCCC‑TGTGC‑TGTC‑TGGACT‑TCAATTCTTAATTAATTACATTTCACGTTGGTCACGTTTTAAGTCTCAATTATGATGTCTAGTTCt < 1:891886/141‑1 (MQ=255) tgtGCATTTTTACCTAGCATTTGAATCACTTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAATATCTTTATTAATTCCATTTGACGTTGTCTACGTTTGATGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCt < 2:388235/139‑1 (MQ=255) ttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTa < 2:57240/141‑1 (MQ=255) ttGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTa < 2:920464/141‑1 (MQ=255) cATTTTTTCCTACAATTTGCATCACGTTATCAAGTTTATCAATACAATCGACTTCC‑TGTTC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCa < 2:478576/141‑1 (MQ=255) aTTTTTAGCGACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCaa < 2:947145/141‑1 (MQ=255) tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAAc < 2:450880/141‑1 (MQ=255) tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAAc < 2:889542/141‑1 (MQ=255) tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAAc > 1:697110/1‑141 (MQ=255) ttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACt < 1:830297/141‑1 (MQ=255) tttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTATCAACTg < 2:660900/141‑1 (MQ=255) tttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTg < 2:855946/141‑1 (MQ=255) ttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGc < 1:1020793/141‑1 (MQ=255) aCCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTa > 1:494255/1‑141 (MQ=255) ccTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTaa > 2:105043/1‑141 (MQ=255) aCAAGTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGc < 1:228598/141‑1 (MQ=255) cAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGcc < 1:890611/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGcc < 1:697025/140‑1 (MQ=255) tGAATCACGTTATCAAGTTTCTAGTTACGGACAGCTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTGGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtcatc > 1:878161/1‑141 (MQ=255) tGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtcatc > 1:1174373/1‑141 (MQ=255) tGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtaatc > 1:700717/1‑141 (MQ=255) tGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑AGTGC‑GTGT‑TGGA‑ATTAAAATCTTACTTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtcatc > 1:526234/1‑141 (MQ=255) gAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTATAGCCtcatca < 2:807504/141‑1 (MQ=255) aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGCTTTTT‑TTTT‑T‑TTTTTTTTTAATTAATTCCCTTTGACGTTATCCACGTTTTAATTTTGAATCATGATGTCTGCTTCTAGCACTTCCTAACTCTTCATCAc > 2:1157314/1‑141 (MQ=255) aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAc > 1:458125/1‑141 (MQ=255) aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAc > 2:307704/1‑141 (MQ=255) aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAc > 1:227249/1‑141 (MQ=255) aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCATCATAAc > 1:637267/1‑141 (MQ=255) aaTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCCAAAGCCTCATCAc > 2:1157409/1‑141 (MQ=255) aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCA‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGCATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTCAAGACTCATCAca > 2:392848/1‑140 (MQ=255) cACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTTTCCACGTTTTAAGTCTGAATTATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCAt < 1:1003191/141‑1 (MQ=255) gTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTGTGAA‑T‑TAAAATCTTCATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTGAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCCTTTa > 2:474316/1‑141 (MQ=255) gTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTCTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTGGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTa > 1:413565/1‑141 (MQ=255) aTCAAGTTTATCAATAGAATCAACCTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAtt < 1:323554/141‑1 (MQ=255) tCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTTATCACTTAGTTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAttt < 1:863465/141‑1 (MQ=255) tCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTCATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAttt < 1:215552/141‑1 (MQ=255) tCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAttt < 1:1195540/141‑1 (MQ=255) cAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAAtttt > 1:154963/1‑141 (MQ=255) cAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTGT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATGACTTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAATCCTCATCACCATTTAAtttt < 2:655670/141‑1 (MQ=255) aTAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCttt > 2:41500/1‑141 (MQ=255) gAATCATCTTCCTTGTCT‑TTTT‑TGAA‑T‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCtttttt < 2:230709/141‑1 (MQ=255) tCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAAGTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTAGCCTTttttaat > 2:641054/1‑141 (MQ=255) tCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACCTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTGTGGTACCCTTttttaat > 2:801570/1‑141 (MQ=255) cAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAAACTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatt > 1:769911/1‑141 (MQ=255) aCTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatttt > 1:118008/1‑141 (MQ=255) aCTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatttt > 1:376895/1‑141 (MQ=255) aCTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCAAATGTCTGTGGGTACCCTTttttaatttt < 1:579233/141‑1 (MQ=255) cTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAGTCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCCTCACGATTGAATTTTTGGTCCCCTTttttaatttta > 1:1015476/1‑141 (MQ=255) cTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGTCGTTGTCCACGATTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCACATGCTACAGCATCATCACCTTTTAATTTTTGGTACAATTttttcattttt > 2:645017/1‑140 (MQ=255) ttCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTtttaaattttaa > 2:863407/1‑141 (MQ=255) tCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTtttaattttaat > 2:408614/1‑141 (MQ=255) tgtgC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTCAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCATTTTTTAATTTTAATCtt > 2:593026/1‑141 (MQ=255) tgtgC‑TTTT‑TGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCtt > 1:1132006/1‑141 (MQ=255) ttt‑tGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGt < 1:400330/141‑1 (MQ=255) t‑tGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 1:269299/141‑1 (MQ=255) tGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTGAGTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTatc < 2:494255/141‑1 (MQ=255) tGGA‑ATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTatc < 2:1143090/141‑1 (MQ=255) | AATTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTT‑TGGA‑A‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTATC > USA300TCH1516_ALE/1063664‑1063939 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |