Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 51,334 | (G)7→8 | intergenic (‑132/‑7) | USA300HOU_RS00210 ← / → USA300HOU_RS00215 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 51,327 | 1 | . | G | 97.8% | 160.5 / ‑1.7 | 46 | intergenic (‑125/‑14) | USA300HOU_RS00210/USA300HOU_RS00215 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (29/16); total (30/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
TGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑GGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGATTTAAATGAA > USA300TCH1516_ALE/51180‑51466 | tgctgcTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGa > 4:371691/1‑148 (MQ=255) tgctTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑ggg < 3:60543/148‑1 (MQ=255) ttAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAAAAAAAAATGGGGA‑gggggg < 4:163450/148‑1 (MQ=255) ttAGATTTCTTATTAATTTAAAAAATCCTCAAAAAATTTTTAAGGGGTCAATAAATATCAAAAAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAAAAAGCATAAATGAAGCATTATGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGGGA‑gggggg < 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TGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATGGGGA‑GGGGGGGTATATATTGATACCTACGCTAGAAGAAATTATTGATAAGTATGGAAACTTAGTTGATTATTTGAAATTTGATGTAACAGTTGAGGTTTATGAAGATTTGTTGTTATTAAGAAGTTTAAGCGATTTAAATGAA > USA300TCH1516_ALE/51180‑51466 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |