Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 93,268 | G→A | A73T (GCT→ACT) | glpE → | Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 93,268 | 0 | G | A | 97.9% | 162.2 / NA | 49 | A73T (GCT→ACT) | glpE | Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (20/27); total (22/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAATTGACGTTAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTGCTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTATGATACACAAGAAGAATATAAAAGTATAGAAATTAAAGCAGATCGTAAACAAT > USA300TCH1516_ALE/93128‑93412 | taattGACGTTAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGc > 3:132193/1‑148 (MQ=255) gACGTTAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTa > 4:318897/1‑148 (MQ=255) gACGTTAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTa > 3:312173/1‑148 (MQ=255) gACGTTAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGAGGTAACAGAAGTCATAATGCTAGTa > 3:214368/1‑148 (MQ=255) cGTTAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTaaa < 4:153451/148‑1 (MQ=255) gTTAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCt < 1:1011/141‑1 (MQ=255) tAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTAAatat < 3:383695/148‑1 (MQ=255) gAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTAAATAttt < 4:156614/148‑1 (MQ=255) agTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTGACAGAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAgg > 3:5878/1‑148 (MQ=255) 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cATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTTATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGaaa > 2:37452/1‑141 (MQ=255) cAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTAt > 4:170554/1‑148 (MQ=255) cAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTAt > 3:264229/1‑148 (MQ=255) aTAAAGAAAAAAATAAAACCTATTAAGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTATGa < 3:83472/148‑1 (MQ=255) aaaaTAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTATGATACACaaga < 3:343033/148‑1 (MQ=255) 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aGTGGTAACAGAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTATGATACACAAGAAGAATATAAAAGTATAGAAATTAAAGCAg < 3:393272/148‑1 (MQ=255) aCAGAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTATGATACACAAGAAGAATATAAAAGTATAGAAATTAAAGCAg > 2:1051/1‑141 (MQ=255) ggAAGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTAGAACGTTATAAAGCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTATGATACACAAGAAGAATATAAAAGTATAGAAATTAAAGCAGATCGTAAAc < 4:108932/147‑1 (MQ=255) aGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTATGATACACAAGAAGAATATAAAAGTATAGAAATTAAAGCAGATCGTAAAAAAt > 3:75164/1‑148 (MQ=255) aGTACTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTAATGACGAAGAAAACGATAGTTATGATACACAAGAAGAATATAAAAGTATAGAAATTAAAGCAGATCGTAAACAAt > 4:399850/1‑148 (MQ=255) | TAATTGACGTTAGAACAGAAGAGGAGTATGCATTAGGACATATCAATGGTTCCATACTTCATCCTGTTGATGAGATTGAGTCATTCAATAAAGAAAAAAATAAAACCTATTATGTAATCTGTAGAAGTGGTAACAGAAGTGCTAATGCTAGTAAATATTTAGCTAAACAAGGTTATAACGTTATAAATCTTGATGGTGGTTATAAAGCTTATGAAGAAGAAAACGATAGTTATGATACACAAGAAGAATATAAAAGTATAGAAATTAAAGCAGATCGTAAACAAT > USA300TCH1516_ALE/93128‑93412 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |