Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,817,305 | G→A | 9.6% | A153V (GCG→GTG) | USA300HOU_RS09040 ← | Cobalt‑dependent inorganic pyrophosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,817,305 | 0 | G | A | 9.6% | 133.8 / 3.9 | 50 | A153V (GCG→GTG) | USA300HOU_RS09040 | Cobalt‑dependent inorganic pyrophosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/31); new base A (2/3); total (15/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
ATCATCTAATGGCGTCATTATATCTTGAACTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGTCTTTGGACCAATATACTTTAA > USA300TCH1516_ALE/1817166‑1817438 | atcattTAATTGCGTCATTATATCTTGAACTATTAAGATACCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATCTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGc < 2:257687/141‑1 (MQ=255) catcTAATGTCGTCATTATATCTTGAACTATTAAGATATCTTTTCTTATTTTCTTATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCaa < 2:191571/141‑1 (MQ=255) catcTAATGGCGTCATTATATCTTGAACTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCaa < 2:784887/141‑1 (MQ=255) tGGCGTCATTATATCTTGAACTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATtaat < 2:367868/141‑1 (MQ=255) gTCATTATATCTTGAACTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACt < 1:471640/141‑1 (MQ=255) cATTATATCTTGCACTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAACAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGGCAATCATGTTCATGCGCAAAATTAATAACttt > 2:136805/1‑141 (MQ=255) tataTCTTGAACTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTttatt < 1:361417/141‑1 (MQ=255) cTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAACAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCACAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTaa > 2:4146/1‑141 (MQ=255) cTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCACAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTaa > 2:4147/1‑141 (MQ=255) tATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTaaa > 1:641125/1‑141 (MQ=255) aTTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAAt > 1:484084/1‑141 (MQ=255) taggATATTTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATAGTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTAGTAGATGGCTTAAATcc < 2:560217/138‑1 (MQ=255) aaGATATCTTTTCGTATTTTCTGGTTAAAAAGTCCTGTGTGGATAATATTTGCAACTAGCAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCACGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATcca < 1:104789/141‑1 (MQ=255) aGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATccac < 2:452341/141‑1 (MQ=255) atCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGt > 1:695560/1‑141 (MQ=255) ttttCGCATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCATCAGtaat < 2:206481/141‑1 (MQ=255) ttttCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAg < 2:680067/141‑1 (MQ=255) ttttCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAg < 1:312407/141‑1 (MQ=255) tttCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGc > 2:54161/1‑141 (MQ=255) cTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGt > 2:177068/1‑141 (MQ=255) aTTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTAcc < 2:116050/141‑1 (MQ=255) tAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACctc < 1:685487/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACctct < 2:340876/141‑1 (MQ=255) aaaGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCttt > 1:337320/1‑141 (MQ=255) tgttgATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCtt < 2:768181/141‑1 (MQ=255) tgttgATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAACCtt > 2:429740/1‑141 (MQ=255) tgATAATATTTGCAACTAGGCATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGGTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCaa > 1:478240/1‑141 (MQ=255) gATAATATTTGCAACTAGGAATGTCTCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAAt < 1:354417/141‑1 (MQ=255) atatTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGc < 1:520242/141‑1 (MQ=255) atatTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTCATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTATATCCACCCGTAATTACTCTAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCACTCTGc < 2:580331/141‑1 (MQ=255) atTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGcac < 1:48039/141‑1 (MQ=255) ttGCAACTAGTAATTTATCATAACTTGATGAAAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACAt < 2:59335/141‑1 (MQ=255) tGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATc > 2:17771/1‑141 (MQ=255) gCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCACAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCt < 1:4146/141‑1 (MQ=255) gCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCACAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCt < 1:4147/141‑1 (MQ=255) tAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACg < 2:719167/141‑1 (MQ=255) gAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGAtt < 1:123022/141‑1 (MQ=255) tGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGAAAAATTAATAACATTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTcc > 2:420334/1‑141 (MQ=255) aTCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTAAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGAc < 2:594734/141‑1 (MQ=255) tCATAACTTGATGATAAAACCACTGAGTCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACAAGTAATTAATATAGCCGTAACTCTTTTTAAAGCTTAAATCTGCAAATCTGCACGATTTACgcaa > 2:761369/1‑138 (MQ=255) atgatAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCTCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTCCCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATg < 2:516706/141‑1 (MQ=255) tgatAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGt < 2:267729/141‑1 (MQ=255) tgatAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTGAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGt < 2:459171/141‑1 (MQ=255) atAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGTCt > 2:515785/1‑141 (MQ=255) atAGAACAGGTAAAGCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGTCt < 1:100603/141‑1 (MQ=255) aGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGTCttt < 2:518424/141‑1 (MQ=255) aGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGTCTTTGGAcc < 1:211626/141‑1 (MQ=255) aaaTCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGTCTTTGGACCAata < 1:136916/141‑1 (MQ=255) cATGTTCATTCACAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGTCTTTGGACCAATATACt < 2:336868/141‑1 (MQ=255) ttCATTCGCAAAATTAATAACTTTACTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTCACAAGCTTAAATCTTCGCATCTTAACTCTTTCCGACAATCAATGATGTCTTTGGACCAATATACttgct < 2:237510/141‑4 (MQ=255) | ATCATCTAATGGCGTCATTATATCTTGAACTATTAAGATATCTTTTCGTATTTTCTGATTAAAAAGTGCTTTGTTGATAATATTTGCAACTAGGAATGTATCATAACTTGATGATAGAACAGGTAAATCATGTTCATTCGCAAAATTAATAACTTTATTAGATGGCTTAAATCCACCAGTAATTAATATAGCCGTACCTCTTTTTAAAGCTTCAATCTGCACATCTTCACGATTTCCGACAATCAATAATGTCTTTGGACCAATATACTTTAA > USA300TCH1516_ALE/1817166‑1817438 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |