Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,658,932 | 0 | G | A | 5.1% | 357.6 / 2.9 | 115 | A122V (GCA→GTA) | USA300HOU_RS13680 | Putative NAD(P)H nitroreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/39); new base A (3/3); total (73/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTTCCATCGGACATGAATCAATACCTAACAATGCGGCTGTCGTCATCATATTGCCTAATGCAATATACGTTTGTTTACTTGACCAGTCATACAAGGCTTGATCATTATCAGAAATATGGAAATCTGCTTGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCTGTATCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2658798‑2659072 | cTTCCATCGGACATGAATCAATACCTAACAATGCGGCTGTCGTCATCATATTGCCTAATGCAATATACGTTTGTTTACTTGACCAGTCATACAAGGCTTGATCATTATCAGAAATATGGAAATCTGCTTGGAATGCATCGa < 1:375833/141‑1 (MQ=255) aTCGGACATGAATCAATACCCGCAGCAGCTGGTGTCGTCATCATATTGCCTAATGCAATATACGTTTGTTTACTTGACCAGTCATACAAGGCTTGATCATTATCAGAAATATGGAAATCTGCTTGGAATGCATCGAAtttt > 1:1098364/1‑141 (MQ=255) gAATCAATACCTAACCATGCGGCTGTCGTCATCATATTGCCTAATGCAATATACGTTTGTTTACTTGACCAGTCATACAAGGCTTGATCATTATCATAAATATGGAAATCTGCTTGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACa < 1:759314/141‑1 (MQ=255) gAATCAATACCTAACAATGCGGCTGTCGTCATCATATTGCCTAATGCAATATACGTTTGTTTACTTGACCAGTCATACAAGGCTTGATCATTATCAGAAATATGGAAATCTGCTTGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACa > 1:578671/1‑141 (MQ=255) 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aaTCTGCTTGGAATACATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGc < 2:518897/141‑1 (MQ=255) tGCTTGGAATGCCTCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGc < 1:901680/141‑1 (MQ=255) cTTGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCtt > 2:108476/1‑140 (MQ=255) cTTGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCTg > 2:178801/1‑141 (MQ=255) cTTGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGATAGCTg > 2:601171/1‑141 (MQ=255) ttGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACACAATGGATCGCTGt > 2:261925/1‑141 (MQ=255) tGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCTgaa > 2:339504/1‑139 (MQ=255) gAATGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCTGTATc < 2:103565/141‑1 (MQ=255) aTGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCTGTATCTa < 2:768995/141‑1 (MQ=255) tGCATCGAATTTTTGTTCAAAAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTAGATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCTGTATCTac > 1:777037/1‑140 (MQ=255) gCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCTGTATCTAAt < 1:712001/141‑1 (MQ=255) | CTTCCATCGGACATGAATCAATACCTAACAATGCGGCTGTCGTCATCATATTGCCTAATGCAATATACGTTTGTTTACTTGACCAGTCATACAAGGCTTGATCATTATCAGAAATATGGAAATCTGCTTGGAATGCATCGAATTTTTGTTCAACAGCTGGAATCGTTTGTGCCTCATATTTTTTAATATCTCTTAACATATGTTGTACATACGGTGATCTTGACGTTACATTTTTACGCGCAAAAATTAGCACAAAATGGCTCGCTGTATCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2658798‑2659072 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |