Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,151,773 | T→C | 5.2% | I7T (ATC→ACC) | polX → | DNA polymerase/3'‑5' exonuclease PolX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,151,773 | 0 | T | C | 5.2% | 314.9 / 5.8 | 108 | I7T (ATC→ACC) | polX | DNA polymerase/3'‑5' exonuclease PolX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/44); new base C (3/3); total (61/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATTGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1151633‑1151912 | attGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTAt > 1:565498/1‑141 (MQ=255) ttGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATc < 1:929385/141‑1 (MQ=255) ttGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATc < 1:1098147/141‑1 (MQ=255) gATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAATAGATGTTATCaa < 1:845715/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCTAATCCCATATTTATCGGCTTTCACCCTTAATTCATACCACCAACA‑CTGGCCTGCGTACAAGTGTATATCTTAATGTTACTTGCTGGTCTGCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCaaa < 2:1150328/141‑1 (MQ=255) tttttCACCTCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAAc < 1:303266/141‑1 (MQ=255) tttttCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAAc < 1:303256/141‑1 (MQ=255) ttttCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTATTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCACACt > 1:1015026/1‑141 (MQ=255) tCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTCATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTATGGTCAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCGTCTTTTTGTGGAAGGTTATTATGTGAAAAAATGATGTTATCAACCTCtt > 2:191741/1‑141 (MQ=255) tCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGTAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTAtt > 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(MQ=255) tGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGa < 1:473454/141‑1 (MQ=255) gTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAg < 2:450247/141‑1 (MQ=255) gTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAg > 2:352638/1‑141 (MQ=255) ttATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGt > 2:597682/1‑141 (MQ=255) ttATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGt < 1:45456/141‑1 (MQ=255) tATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGtt < 1:88796/141‑1 (MQ=255) | ATTGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTCTTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1151633‑1151912 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |