New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998418 | ccTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTa < 2:903340/140‑1 (MQ=25) tACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTg < 1:66226/141‑1 (MQ=255) aaCAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATAGTGGAGAATGACGGGTTCTAACAGCCGACCCTCTGCTTGTGAGGCAGATGCTCTCCCATCTGAGTTAATTCTCCGCTTTAACACtt > 2:582033/2‑140 (MQ=11) aCAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCGTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGATCTAATTCTCCGATTTAACACTGc > 1:869669/1‑141 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc < 2:71703/141‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc > 1:850316/1‑141 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc < 2:451674/141‑1 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 1:145097/1‑141 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 1:907592/1‑141 (MQ=255) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTCAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTACTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCac > 2:132453/1‑140 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2:564739/1‑140 (MQ=255) cccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACCGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTcc > 2:729549/1‑140 (MQ=255) caccTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGACTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGCACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTTTAGTCAcc < 2:728241/138‑1 (MQ=255) cAGCTGAGCTAATTCTCTGATTTATAACTGCCTGGCAACGTTCCACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTCATCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc < 2:370024/141‑1 (MQ=14) cAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc > 1:404109/1‑141 (MQ=255) cAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc < 1:398200/141‑1 (MQ=255) ctcaGCTAATTCTCCGATTTACGATTGCCTGTCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:966011/138‑1 (MQ=11) cggAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCATCAGa < 2:794367/139‑1 (MQ=255) tGAGCTACTTCTCGCATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTGTAGCGGAACGTAAGGTTGACTACCATCGACGCTAATGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGAc < 2:91748/141‑1 (MQ=14) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCGTCGACGCTAAGGAGCTTAACTGCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGGCACCACACat > 2:75436/1‑141 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat > 2:11138/1‑141 (MQ=255) aGCTAATTCACCTATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 2:554580/141‑1 (MQ=255) gCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata > 2:193328/1‑141 (MQ=255) gCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata > 2:142478/1‑141 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa < 1:873092/141‑1 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATCGTCATCAGACATATGa < 1:549624/141‑1 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCATCAGACATATGa < 2:60498/141‑1 (MQ=255) cGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCCCCAGACATATGAATGTCAt > 1:411197/1‑141 (MQ=255) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACGGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata > 1:794170/1‑141 (MQ=21) aaaaCTGCCTTGCAACGTTCTACTCTAGCCGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 2:330198/141‑1 (MQ=18) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTTCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 1:522923/141‑1 (MQ=18) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 1:687182/141‑1 (MQ=33) | ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998418 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |