Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,064,445 | Δ1 bp | coding (44/1218 nt) | ywtF ← | Putative transcriptional regulator YwtF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,064,444 | 0 | A | . | 98.7% | 348.0 / ‑0.5 | 78 | coding (45/1218 nt) | ywtF | Putative transcriptional regulator YwtF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base . (40/35); minor base T (0/1); total (41/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTA > USA300TCH1516_ALE/1064305‑1064579 | tAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATgaga > 1:562235/1‑140 (MQ=255) ggTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGCCTCTTGGAACAACAATgagaca > 2:907638/1‑138 (MQ=255) ttgttCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTCGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATgagaccaa > 2:756269/1‑136 (MQ=255) tgttCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAAt < 1:433288/140‑1 (MQ=255) tgttCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAAt > 2:290075/1‑140 (MQ=255) tgttCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAAt > 1:28790/1‑140 (MQ=255) ttcttcGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGAAACAACAATGAG‑ACCAATGc > 1:780605/1‑140 (MQ=255) cttcGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTa > 1:163482/1‑140 (MQ=255) ttcGTGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAACCCAATTTACCGAAGGCTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAg > 2:705187/1‑140 (MQ=255) gATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGa < 1:815211/140‑1 (MQ=255) tGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCGGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGCTCa > 1:194515/1‑140 (MQ=255) gACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGCCTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCaa > 1:168254/1‑140 (MQ=255) gACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCaa > 2:40528/1‑140 (MQ=255) gACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCaa > 1:316857/1‑140 (MQ=255) gACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCaa > 1:145533/1‑140 (MQ=255) gACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCaa > 1:902022/1‑140 (MQ=255) gACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCaa < 2:587605/140‑1 (MQ=255) gACTATATTATCACTTCAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGTATGCATCTTGAGACGTATTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACCACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCaa < 2:877041/140‑1 (MQ=255) atCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTAttt < 1:14327/140‑1 (MQ=255) tctTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACCATGAG‑ACCAATGCTGGCAGGATCAAAAAGTAGTTTat > 2:245152/1‑139 (MQ=255) tctTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGGTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTaa > 2:90468/1‑140 (MQ=255) gTTGGATTGACGATTAGCATTTTTTCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAAttt > 1:893662/1‑140 (MQ=255) gTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAGAGTATTTTAAAAAttt > 2:803935/1‑140 (MQ=255) tGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTACAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTAt > 2:357293/1‑140 (MQ=255) aTTGACGATACGCATTTTTGCTGTGTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGCTGGTTGAAAAAGTAACGTAACTAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCa > 1:734843/1‑140 (MQ=255) aaggttAGCTATTTTGCTGTCTTAAGAAGTTTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGA‑CACCAATGATAGAAGGCTCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 2:629386/136‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAGAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCGATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 2:497262/140‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCGATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 2:183201/140‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 1:775692/140‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 1:113575/140‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 1:642748/140‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGACTCGAATGCATCTGGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 2:194515/140‑1 (MQ=255) cGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCCAACAGGCTTTTAAAAATTTATTCAtgatt > 1:931817/1‑140 (MQ=255) cGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgatt < 2:637088/140‑1 (MQ=255) cGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgatt < 1:840669/140‑1 (MQ=255) cGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATGCAtgatt > 1:508990/1‑140 (MQ=255) aTTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgattga < 1:455732/140‑1 (MQ=255) tAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCCATGCTCGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTAATg > 1:677733/1‑140 (MQ=255) 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2:197084/140‑1 (MQ=255) tCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTAATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatc > 1:40581/1‑140 (MQ=255) tGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcataat < 2:677412/140‑1 (MQ=255) aTCTTGGGACCTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAATACTATTGGAACAACAATGA‑TACCAATGCAAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcataatcat < 2:854212/140‑1 (MQ=255) tCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAatcataatcata < 1:633419/140‑1 (MQ=255) tAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAAtata > 2:527009/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAACTCATAATACTACTTTTAAAATATAATTAGTTGaa > 2:880143/1‑140 (MQ=255) gTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAAc > 1:114666/1‑140 (MQ=255) tAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACg < 1:861397/140‑1 (MQ=255) gCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGat > 1:359992/1‑140 (MQ=255) gCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGat > 1:360119/1‑140 (MQ=255) gAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGatat < 2:163482/140‑1 (MQ=255) gAAGACTAATGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGatat < 2:133659/140‑1 (MQ=255) gatcaTTTGAACAACAAAGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTta < 2:450664/136‑1 (MQ=255) gACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTta < 1:428865/140‑1 (MQ=255) tATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATAc < 2:789779/140‑1 (MQ=255) aTTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACa < 2:521525/140‑1 (MQ=255) ttGGAACAACAATGAG‑ACCAATGGTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACaa > 2:33362/1‑140 (MQ=255) ggAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACt > 1:999408/1‑140 (MQ=255) caaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTTTTATTTCTTTATCATAATATTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTAATTAc > 2:365044/1‑140 (MQ=255) aaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCTAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACt > 1:639477/1‑140 (MQ=255) aaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACt > 1:786580/1‑140 (MQ=255) aTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTa < 1:538818/140‑1 (MQ=255) aTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTa > 2:392070/1‑140 (MQ=255) aTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTa > 1:311239/1‑140 (MQ=255) aTGAG‑ACCAAAGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTa < 1:167234/140‑1 (MQ=255) | TAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTA > USA300TCH1516_ALE/1064305‑1064579 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |