New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 71 (0.800) | 54 (0.860) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
35/198 | 0.5 | 51.7% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998142‑1998417 | tttACAAGTCAGTTGCTGTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTaaaa < 2:20736/139‑1 (MQ=255) tACCAGTCAGGTGCTCTACCAATTGAGCTGGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACt < 2:573083/140‑1 (MQ=255) tACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCTACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACt < 1:415880/140‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCt < 2:301711/140‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCt > 2:555750/1‑140 (MQ=255) gTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTg < 1:144149/140‑1 (MQ=255) ccgTTGCTCTGCCTATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTATGAATAAATGGTGGGGTATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCCTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑TTTTAAAACTGCCTGGc < 1:498221/138‑1 (MQ=14) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGGTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGc > 1:956066/1‑140 (MQ=255) ttgatatACCCATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:700810/134‑1 (MQ=255) tgtctctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:746678/137‑1 (MQ=255) ctGCTCTACCAATTGGGCTAGGCCGGCAATATGTAAGCATAAATGTTGGAGAATGACGGGTTCGAGCCGCCGACCCTCGGCTTGCAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:174030/139‑1 (MQ=17) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGt < 1:639436/140‑1 (MQ=255) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑GTTTAAAACTGCCTGGCAACGTTc > 1:997138/1‑140 (MQ=255) ctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt > 2:271450/1‑140 (MQ=255) ctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACCTTCt > 2:734505/1‑140 (MQ=255) aaTTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTCATTCGCCG‑‑AGTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct > 2:324296/1‑140 (MQ=255) aaTTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct > 2:719834/1‑140 (MQ=255) tGATCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGc < 2:51979/140‑1 (MQ=255) tGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGc > 2:404316/1‑140 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa > 2:397094/1‑140 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg > 1:659298/1‑140 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGACGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg > 1:666321/1‑140 (MQ=255) gCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGGAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGtt > 2:50535/1‑140 (MQ=255) tatatGTAGGAACAAATGGTGGAGAATGACGGGTGCGAACCGCCGACCCTCTTCTGGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg < 1:451482/139‑1 (MQ=17) aaTATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg < 1:977522/140‑1 (MQ=255) atatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGa > 2:676272/1‑140 (MQ=255) atatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGa > 1:474923/1‑140 (MQ=255) atatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTACGAACAGCCGACCCACTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCGGGCAACGTTCTCCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGa > 2:126914/1‑140 (MQ=17) tatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGCAAGTTCgcc > 2:256298/1‑138 (MQ=255) tggaaGAATAAATGGTGGCGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa < 2:589439/137‑1 (MQ=255) aaGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGATCTCCGAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGAAACGTTCTACTCTAGCGGTACGTAAGTTAGACTACCa > 2:205052/1‑140 (MQ=14) aTAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGa > 1:175262/1‑140 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCATCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTGCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTATGATCGACg > 2:167584/1‑140 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGAACCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAACTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAGCTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTACGACTACAATCGAca > 2:358674/1‑139 (MQ=14) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc > 2:392780/1‑140 (MQ=255) aaTCGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc > 1:722200/1‑140 (MQ=255) cggtggAGAATGACGGGGTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTACGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTa < 2:542422/139‑1 (MQ=255) ggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAATTCGACTACCACCGACGCTaa > 2:533038/1‑140 (MQ=255) gtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAg < 1:202894/140‑1 (MQ=255) tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACAATCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGGTAAgg > 2:416648/1‑140 (MQ=255) agaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 2:62580/140‑1 (MQ=255) tGACGTGTTCGAACCGCCGTCCCTCTGCTTGTAACGCAGATGCTCTCCCAGCGGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCAACGCTAAGGAGCTTaa < 1:497738/140‑1 (MQ=14) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCGTCGACGCTAAGGGGCTTaa > 2:521270/1‑140 (MQ=255) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTaa > 1:864038/1‑140 (MQ=255) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTaa < 1:567627/140‑1 (MQ=255) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTaa > 1:917497/1‑140 (MQ=255) tGACGGGTCCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCCCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTaa < 2:40151/140‑1 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc > 2:593500/1‑140 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCAACGCTAAGGAGCTTAAc > 2:301014/1‑140 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAAAGGGCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc > 1:731543/1‑140 (MQ=255) cGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGCCGCTAAGGTGCTTAACtt > 2:810085/1‑140 (MQ=255) ggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt < 1:968928/140‑1 (MQ=255) ttCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCGCCCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgt < 2:377552/140‑1 (MQ=255) tCGAACCGCCGACCCTCTGCTCGTCATGCACATGCTCGCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg < 2:960158/140‑1 (MQ=17) cggaCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGTAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 2:522708/137‑1 (MQ=255) ccgccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCgg > 2:453046/1‑140 (MQ=255) gccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCa > 1:821096/1‑140 (MQ=255) cgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATg < 2:437464/140‑1 (MQ=255) gACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTTTGTGTTCGGCATgg < 1:547672/140‑1 (MQ=255) cccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATCTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGCAAGCGCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAGCTTCTGTGTTCGGCATGGGa > 1:380869/1‑140 (MQ=14) ccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGaa > 1:942410/1‑140 (MQ=255) ccctGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAc < 2:944825/138‑1 (MQ=255) tAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc < 1:453046/140‑1 (MQ=255) aGGCAGATGCTCTCCCCGCTGAGCTAAGGCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 1:487021/1‑140 (MQ=255) ggCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc < 1:875651/140‑1 (MQ=255) gCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATGCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATGAACGCTAAAGAACACAACTACTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcc > 2:961215/1‑140 (MQ=14) gATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACGGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTg < 2:51992/140‑1 (MQ=255) gATGCCCGCCCAGGCGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTg < 2:136912/140‑1 (MQ=255) actcttccccAGCTGAGCTAATTCGCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:806271/133‑1 (MQ=255) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCCACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc > 2:806545/1‑140 (MQ=255) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACGTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 2:659298/140‑1 (MQ=255) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTGCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 2:666321/140‑1 (MQ=255) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata < 2:318652/140‑1 (MQ=255) ctcCCAGCTGGGGCAATCCTCCG‑‑ATTTAACACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACCACCACCGACGCTAAGGAGCCTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACATGTGCGACCTCCTTGCTATAg < 1:397094/140‑1 (MQ=14) ctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg > 2:754496/1‑140 (MQ=255) cccccAGCCGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 1:314397/138‑1 (MQ=255) cccccAACTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:732574/138‑1 (MQ=255) tcCCAGCTGAGCTAATTCGCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 1:350175/140‑1 (MQ=255) cccAGCTGGTCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTTGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 2:76557/140‑1 (MQ=255) cccAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTACATCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 1:272237/140‑1 (MQ=255) cccAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 1:718056/140‑1 (MQ=255) cccAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACGCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAACTCCTTGCTATAGTc < 1:145581/140‑1 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGACATATTAAAC‑CCCAGGCAACGTTCTACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc > 1:239824/1‑140 (MQ=11) aGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGATCGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:257003/140‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:672378/140‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACGGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:940002/140‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCG‑‑AGTTAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 2:468313/140‑1 (MQ=255) gCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 1:837511/140‑1 (MQ=255) gCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGCCATGGGAACAGGTGTGGCCTCCTTGGTATAGTCGCAAGACat > 2:283149/1‑140 (MQ=14) cTAATTCGCCG‑‑ATTTAAACCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata < 2:323879/140‑1 (MQ=255) tAATTCTCCG‑‑ATTTAAAGCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGCGGAACGTAAGTTCGACTACCTTCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat < 2:333455/140‑1 (MQ=255) tAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGACTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat < 1:291486/140‑1 (MQ=255) tcCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 1:392780/140‑1 (MQ=40) tcCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 2:722200/140‑1 (MQ=40) cG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAGCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTACGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGGACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGACAGTaa > 2:903174/1‑140 (MQ=14) cG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa < 2:670384/140‑1 (MQ=39) g‑‑ATTTACAACTGCCTGTCAATGTTCTTCTCTTGCGGAACGTAATTTCGACTTCCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 1:52183/140‑1 (MQ=11) g‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 1:50535/140‑1 (MQ=38) tttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAttt > 2:911252/1‑140 (MQ=37) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:109843/140‑1 (MQ=33) | ATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCG‑‑ATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > USA300TCH1516_ALE/1998142‑1998417 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |