Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | C→T | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 ← | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 97.8% | 294.2 / NA | 91 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (37/52); minor base A (1/1); total (38/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTT > USA300TCH1516_ALE/2010229‑2010496 | cACGTGTCGATTTTCTTAATCTTCAAAAGAAAACGTACACCTGTAAAATGTATAATTGGAAGATAATCAGTGCTGCTAGAGTGAATTTCTCATCTAATAAGAACATTATGGATAGTGCAATTATAATTGTTATATAATCt < 2:386005/140‑1 (MQ=255) cACGTGTCAATTATCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTCAAAATGTAAAATTAGAAGATAAACAGTGCTTCTAAAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCt < 2:261066/140‑1 (MQ=255) gtgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATGATAATTGTTATATAATTTAAc > 1:369988/1‑140 (MQ=255) gttatttttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 1:769440/135‑1 (MQ=255) gtCAAATTTCTTAATCCTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATAGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAATTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:867486/140‑1 (MQ=255) aaTTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAat > 1:70112/1‑140 (MQ=255) aaTTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGACATAAAAAATGTAATATAATCTAACCAAat > 2:440813/1‑140 (MQ=255) agtttCTGAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAata < 1:408837/138‑1 (MQ=255) actttCTATATCTTCCCAGAAAAAGTTACACTGCTAAAATGTAAAATGGGAAAATAAACAGTGCTGATAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGTGAGTGCAATAAGAATTGTTAGATAATCTAACCaaaca < 2:603884/138‑3 (MQ=255) aTTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAata < 2:928284/140‑1 (MQ=255) aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATACTCTAACCAAATATTCATTaa > 2:88019/1‑140 (MQ=255) aaTCTTCCAAAGAAAAAGTACACCGGTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTaa > 2:970217/1‑140 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaa > 1:127614/1‑140 (MQ=255) gAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa < 1:98335/140‑1 (MQ=255) aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 1:566458/140‑1 (MQ=255) aCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATTATAAGAGTTTTGAAAACTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGaa < 1:735682/140‑1 (MQ=255) tACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTCAAGTCAATTTCACACCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTACACCGGTTAAAATGAAATc > 2:211591/1‑140 (MQ=255) tACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAAGTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATc > 2:740355/1‑140 (MQ=255) tcGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAATGTCAAGTTCACATCTATAAAGATCATTCTGGATAGTGCAATAATGATTGTTATTTATTCTAATCAAATATTCTTTAACCCGGTTAAAATGAAATCtttt < 2:265504/139‑1 (MQ=255) ccGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCtttt < 1:595853/140‑1 (MQ=255) cGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttg < 1:282995/140‑1 (MQ=255) ttAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATCATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgtt < 2:638964/140‑1 (MQ=255) aaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 1:372374/140‑1 (MQ=255) tgtaaaagtGTAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCa < 2:203463/140‑1 (MQ=255) ttaaatgGGAATATAAGCCTTGGTGCTAAAGTCAAGTTCACATCTAAAAAGAACATCATCGATAGTGCAATAAGAATTTTTATATGATCTAACGAAATATTCATTAACCCGGTTAAAGTGAAATCGTTTGTTTGTTCAAc < 2:300910/138‑1 (MQ=255) tcaaatcGGAAAATAAACACTACTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACAGTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAc < 2:908279/138‑1 (MQ=255) taaaatgGGAAGATAAATAGCGCTTCTAAAGTCAATTTCACCTCTAAAAACAGGAGTATGGAAAGTGCAATAATAATTGTTAGATTCTCTAACCTGGTATTCAGTACCCCGGTTAAAATGAAATCTTCTTTTAGGTCAAc < 2:2127/140‑1 (MQ=255) taaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAc < 2:978301/140‑1 (MQ=255) aaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcat < 2:364140/140‑1 (MQ=255) aatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatc < 2:674956/140‑1 (MQ=255) atgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatca > 1:364392/1‑140 (MQ=255) atgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatca > 1:94376/1‑140 (MQ=255) tgGGCAGGTACACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGATATCTTTTGTTTGTTCAAcattat > 2:945015/1‑140 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTTCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:862010/140‑1 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:565353/140‑1 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 1:247514/140‑1 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:72654/140‑1 (MQ=255) taggAAGATACACAGTGCTGCTAAAGTCAAATTCACATCTAAAAAGAACCTTATGGATAGTGCAATAATAATTGATATAAAATCTAGCAAAATACTAAAAAAACCGGTAAAAAAGAAATCTGATGTTTGTTCAAcctcat > 2:249227/3‑140 (MQ=255) gAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTaa > 2:490978/1‑140 (MQ=255) gAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTaa > 1:89787/1‑140 (MQ=255) gAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAACTTTTGTTTGATCAACAACATTaa > 1:299528/1‑140 (MQ=255) taaaTAAACAGTGCGGCTAAATTCAATTTCATATCTAAATAGGATGTTATTGATAGTGCAATGATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACTTCATTAAt < 2:511686/137‑1 (MQ=255) aGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATc < 1:483631/140‑1 (MQ=255) aTAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc < 1:98850/140‑1 (MQ=255) aTAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc < 1:914617/140‑1 (MQ=255) aTAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc < 1:933021/140‑1 (MQ=255) aaaCAGTGCTGCTAAATTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActc < 2:754454/140‑1 (MQ=255) aaaCAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActc < 2:532187/140‑1 (MQ=255) catggctgctAAAGGCAATTGCACTTCTAAAAAGAACATTAGGGATATTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATCAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCTCTCTAg < 2:896480/136‑1 (MQ=255) cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAATCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAg < 2:70112/140‑1 (MQ=255) cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCTGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAg < 1:440813/140‑1 (MQ=255) cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAg > 2:544025/1‑140 (MQ=255) cAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAGTAATCACTCTAg > 1:626161/1‑140 (MQ=255) gTGCTGCTAAAGTCAATTTAACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGat < 1:301623/140‑1 (MQ=255) gctgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat < 1:169292/140‑1 (MQ=255) gctgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat < 1:809024/140‑1 (MQ=255) gctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTAc > 1:115845/1‑140 (MQ=255) aaGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGa > 2:715452/1‑140 (MQ=255) aaGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGa > 2:81561/1‑140 (MQ=255) aGTCAATTTCACATTTAAAAACAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATGTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTATTCACTCTAGATATTACTTGAc < 1:519336/140‑1 (MQ=255) aGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTTCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAc < 2:41146/140‑1 (MQ=255) aGTCAAATACACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTCTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCGAGATATTACTTGAc < 2:686848/140‑1 (MQ=255) gTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAcc < 1:799598/140‑1 (MQ=255) aaTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAACCACCCTCAGTATTACttaccctcc > 1:911642/1‑133 (MQ=255) aTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTCCTTGACCTACt > 2:593015/1‑140 (MQ=255) ttCACATCTAAATAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTg < 2:637387/140‑1 (MQ=255) ttCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTg < 1:760576/140‑1 (MQ=255) tCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGCTATTCCTTGACCTCCTTGa > 2:899841/1‑140 (MQ=255) tCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACATACTTGa > 1:62991/1‑140 (MQ=255) acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGatt > 2:505219/1‑140 (MQ=255) acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAGCTTTTGTTTGTTCATCATCATTAATCACTCTAGATATTACTTAACCTACTTGgtt > 2:782465/1‑140 (MQ=255) caTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGCCCTACTTGatta > 2:162718/1‑140 (MQ=255) aaaaaGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGc < 1:162718/140‑1 (MQ=255) aaCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTACCATaaaa > 2:64879/1‑140 (MQ=255) aaCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTAAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGCTTCTTAGCATaaaa > 2:350991/1‑140 (MQ=255) aaCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAACAAATAATAATTAACACGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATAACTTGACCTACTTGATTATTATCATaaaa > 2:369580/1‑140 (MQ=255) cATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTCACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTAATTGACATACTTGATTATTAGCATAAAAtc > 1:153307/1‑140 (MQ=255) ttATGGCTAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCTGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtctc > 2:632441/1‑140 (MQ=255) gATAGTTCAATAATAATTGTTATATAATCTAACTAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt < 2:348401/140‑1 (MQ=255) agatgtcAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTCTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACtt < 2:747171/134‑1 (MQ=255) aTAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACtt < 2:952291/140‑1 (MQ=255) tGCAATAATAATTTTTATTTAAACTACCCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCGTATGGTTCTTCAACATGATTAATCACTCTAGATGTTACGTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAg < 2:837199/140‑1 (MQ=255) aataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa > 1:868777/1‑140 (MQ=255) aataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa > 1:463745/1‑140 (MQ=255) aataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa > 1:785902/1‑140 (MQ=255) taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTaaa > 2:636611/1‑140 (MQ=255) taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACGTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTaaa > 1:711274/1‑140 (MQ=255) tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGt < 1:566526/140‑1 (MQ=255) gTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt < 1:863454/140‑1 (MQ=255) gTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt > 2:400882/1‑140 (MQ=255) gTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGtt < 1:863451/140‑1 (MQ=255) | CACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTT > USA300TCH1516_ALE/2010229‑2010496 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |