Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,532,298 | A→T | T15T (ACA→ACT) | femA_3 → | Aminoacyltransferase FemA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,532,298 | 0 | A | T | 98.7% | 241.0 / NA | 77 | T15T (ACA→ACT) | femA_3 | Aminoacyltransferase FemA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (25/50); minor base G (0/1); total (25/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTA > USA300TCH1516_ALE/2532162‑2532421 | gtgtATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTactaca < 2:279045/140‑1 (MQ=255) gtATTTGTAATCAGTTTATGAAAAAAAAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACCACaaa < 2:959333/140‑1 (MQ=255) tATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAg < 1:318791/140‑1 (MQ=255) tATGTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTTAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGCGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACCAAg < 1:721661/140‑1 (MQ=255) 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1:1005735/1‑140 (MQ=255) gATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTacaca < 2:909106/140‑1 (MQ=255) gATAAAATAAAAAAATAGAATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTacaca < 2:70278/140‑1 (MQ=255) ataaaataaaAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTAAAATTacaccc > 2:202800/1‑138 (MQ=255) ataaaataaaAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTAAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTacacac > 2:908962/1‑140 (MQ=255) taaaataaaaAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTAcacaca > 2:92020/1‑140 (MQ=255) aaaaaaTAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCt < 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2:428659/1‑140 (MQ=255) aataaATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCATATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATa < 2:662277/140‑1 (MQ=255) aTTCAAAGATTATCGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTGTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGtt < 1:625524/140‑1 (MQ=255) tCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTAGAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGa < 1:668256/140‑1 (MQ=255) tCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTCCAATCATAGAGTTGa < 1:504284/140‑1 (MQ=255) aaaTTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTa < 2:905186/140‑1 (MQ=255) aaaTTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATATCTAACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGGTTTa 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(MQ=255) tgggatAAATTGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGCGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCATATTACACACAATCCGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGt < 2:761758/140‑1 (MQ=255) tgggatAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGCTGATTTAAAAGGCGATGTCCACTTTGCAGGGGt > 1:712756/1‑140 (MQ=255) aaaTGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGAt < 2:145591/140‑1 (MQ=255) aaTGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATg < 1:92020/140‑1 (MQ=255) aaTGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATg < 1:296588/140‑1 (MQ=255) cTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATg < 1:88453/140‑1 (MQ=255) ttGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGCTGACAATGGt > 1:439190/1‑140 (MQ=255) gTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCa > 2:30280/1‑140 (MQ=255) aaCGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCAATTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAg > 2:3981/1‑140 (MQ=255) ttGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGAt < 2:706956/140‑1 (MQ=255) ttGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAATTGAATTAAATATAAATGTGCATTTTGTTGGGGTTAACGATTACTATGGTCATGTGAt > 2:784907/1‑140 (MQ=255) tGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGAtt < 2:938484/140‑1 (MQ=255) gACTTCGGATGAGTTTAAGGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCAAATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTg < 2:334653/140‑1 (MQ=255) gACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGTGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTg < 2:573511/140‑1 (MQ=255) gACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTg < 2:300737/140‑1 (MQ=255) gACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTg < 1:896304/140‑1 (MQ=255) acggcGGATGAATTCAATGCGGTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACAAACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGc < 2:301274/136‑1 (MQ=255) aCTTCTGATGAGTTCAATTCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGc < 1:963416/140‑1 (MQ=255) aCTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACCAACCATGTTTCCCATTACACTCATTCAGCAAGTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAAAGGTCAAGTGAGTGc > 2:211377/1‑140 (MQ=255) aCTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGc < 1:453351/140‑1 (MQ=255) aCTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGc < 2:292394/140‑1 (MQ=255) ttggATGAGTTCAATGCGTTTACGACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCAATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAgg < 2:163580/138‑1 (MQ=255) ggttGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGAt < 1:810426/137‑1 (MQ=255) ggATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCCGGTTATTGCAGGAt < 2:973837/140‑1 (MQ=255) ggATGAATTCACTGCGTTTACTAAAAAGCATTTTTCACATTACACATAATCAGCTAGTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGAAACTTGTATGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGAt < 1:195129/140‑1 (MQ=255) aGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTTACATTACACACAATCAGCTATTCAGTCCAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGCGATTGCAAGATACTTa > 2:94843/1‑140 (MQ=255) aGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCGTCGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGGAGGAAGCTTa > 2:70934/1‑140 (MQ=255) | GTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTA > USA300TCH1516_ALE/2532162‑2532421 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |