Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,698,922 | T→C | 6.5% | R745R (CGT→CGC) | copA → | Copper‑exporting P‑type ATPase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,698,922 | 0 | T | C | 6.5% | 178.4 / 2.2 | 69 | R745R (CGT→CGC) | copA | Copper‑exporting P‑type ATPase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/30); new base C (3/2); total (37/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 |
TGATATCGGTATCGCCATTGGTACAGGTACAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAG > USA300TCH1516_ALE/2698790‑2699053 | tGATATCGGTATCGCCATTGGTACAGGTACAGAAGTAGCCAGGTAGGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGCTGCTTATTCCCAAAGCCATTTATGCAGGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGCCACActct > 2:576207/1‑141 (MQ=255) tGATATCGGTATCGCCATTGATACAGGTACAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATACTTATTGCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCt > 1:509288/1‑141 (MQ=255) atCGGTATCGCCATTGGTACAGGTACAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTAttt > 2:133758/1‑141 (MQ=255) cGGTATCGCCATTGGTACAGGTACAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACAATGCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTg > 1:15484/1‑141 (MQ=255) agTAACGCCATTGGTACAGGGAAAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTAGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTgg < 2:441434/140‑1 (MQ=255) ttATCGCGATGGGTACAAGTACAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTCATTCCTAAAGACATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTggg < 2:5607/140‑1 (MQ=255) tgagcgacATTGGTACAGGTACAGAAGTCGCCATTGAAGCAGCGTATTTTAGTATTCTTGGGGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTggg < 2:376579/134‑1 (MQ=255) ccATTGGTACAGGTACCGACGGTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCg > 1:759174/1‑141 (MQ=255) ccATTGGTACAGGTACAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCg > 1:542516/1‑141 (MQ=255) gtgggtacaggtacaGATGTTGCCATTGCAGCAGCTTGTATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGc < 2:363836/138‑1 (MQ=255) ttGGTACAGGTACAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCt > 1:688987/1‑141 (MQ=255) acaggtacagAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTataat > 2:367565/1‑141 (MQ=255) caggtacagAAGTTGCCATTGAAGCAGGTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTataata > 2:70231/1‑141 (MQ=255) gtacagAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTg < 2:290367/141‑1 (MQ=255) gtacagAAGTGCCCATTTAAGCAGCTGATATTATTATTCTTGGTGGCGTCTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTAGAATATTg < 2:368956/141‑1 (MQ=255) cagAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCg > 2:602513/1‑141 (MQ=255) agAAGTTGCCATTGAATCAGCTGAGATTACAATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCGTTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATGCGGCTATAATATTGCCgg < 2:609987/141‑1 (MQ=255) gTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATc < 1:376912/141‑1 (MQ=255) aTTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCtata < 2:714868/141‑1 (MQ=255) ttGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAg < 1:133758/141‑1 (MQ=255) ttGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAg > 1:303543/1‑141 (MQ=255) aaGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTg > 2:217246/1‑141 (MQ=255) aaGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATCCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTg < 2:86157/141‑1 (MQ=255) gcagcTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCa > 2:243219/1‑141 (MQ=255) gcagcTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCa > 2:617701/1‑141 (MQ=255) cTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGCCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTgg > 1:312919/1‑141 (MQ=255) cTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGCCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTgg > 1:407979/1‑141 (MQ=255) agATATTACTATTCTTGGTGGCTACTTGATGCATAATCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTAATTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTggg < 2:301976/140‑1 (MQ=255) gATATTACTATTCTTGGGGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTgggg > 1:415294/1‑140 (MQ=255) ttACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTCTAGCTCCATTGGGCTTAc > 1:82324/1‑141 (MQ=255) tACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACt < 1:578015/141‑1 (MQ=255) aCTATTCTTGGTGGAGACTAGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTAGGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACtt > 1:420169/1‑141 (MQ=255) cTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTg > 2:546656/1‑141 (MQ=255) tATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTCCTTgc > 1:421876/1‑141 (MQ=255) aTTCTTGGTGGCGCCTTGAGGCATATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATGTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTgcg < 2:176210/141‑1 (MQ=255) aTTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCAAAGGCCATTTATGCAAGTAAAGAAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTgcg < 1:329739/141‑1 (MQ=255) ttCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTgcgc > 2:97070/1‑141 (MQ=255) tttGGTGGCGACTTTATGCTTATGCTGAAAGCTATTTATGCAAGGAAAGCAATCATTTGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCa < 1:537467/140‑1 (MQ=255) ttGGTTGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTATAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCAt < 2:275037/141‑1 (MQ=255) ttGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTCTCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCAt > 1:329200/1‑141 (MQ=255) gACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCt > 1:367317/1‑141 (MQ=255) aCTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCACTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTg > 1:564667/1‑141 (MQ=255) tttGAAGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTAACCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTgg < 2:145709/140‑1 (MQ=255) ctggATGCTTATGCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTgg < 2:172474/138‑1 (MQ=255) cTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTgg > 2:528697/1‑141 (MQ=255) attaaTGCTTATTCCTAAAGCCATTTAAGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTgg < 2:575125/137‑1 (MQ=255) tGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGtg < 1:374957/141‑1 (MQ=255) attattATCCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCTGCTATAATATTGCCTGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGtgct < 2:695601/137‑1 (MQ=255) cTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATAGGGCTTCCTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCa > 2:246124/1‑141 (MQ=255) tCCTACAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGCCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGc < 1:33758/141‑1 (MQ=255) cTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTGTTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCAc < 1:367565/141‑1 (MQ=255) cTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCAc > 2:294835/1‑141 (MQ=255) tAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACt > 2:307476/1‑141 (MQ=255) tAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACt > 1:424695/1‑141 (MQ=255) aaaGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTa < 2:453878/141‑1 (MQ=255) aaGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTaa < 2:303543/141‑1 (MQ=255) atcaattAGGCAAGAAAAGGAAACATTCGTAATATTCGTTAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCCGGTGCTGCAATGGCACTAAGt < 2:188636/136‑1 (MQ=255) tttATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGTCATGGATTGCTGATGCTGCAATGGCACTAAGTTCAg > 1:134310/1‑141 (MQ=255) tttATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCCATGGCACTAAGTTCAg > 2:475909/1‑141 (MQ=255) ttATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGt < 1:72146/141‑1 (MQ=255) cAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGTAAgtg > 1:63758/1‑141 (MQ=255) aaaGCAACCATTCGTAATATTCGCCAATATCTATTTTGGGGCATCTGCTATAAGATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACCTGCGCCATGCGTTGCATGTGCTTCATTTGCACTACGTTCAGTAAGttttggc < 2:312919/141‑3 (MQ=255) aaaGCAACCATTCGTAATATTCGCCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGTAAGTGTTGTc < 2:407979/141‑1 (MQ=255) aaGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGTAAGTGTTGTca < 1:420631/141‑1 (MQ=255) cAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGTAAGTGTTGTCACaa > 1:738036/1‑141 (MQ=255) cAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGTAAGTGTTGTCACaa < 2:759174/141‑1 (MQ=255) cAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGTAAGTATTGTCACaa > 1:69872/1‑141 (MQ=255) cATCCGTAATATTCGTCAAAAACTCTTTTGAGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCAAAATCTGCATTGGGCTTCCTTTCGCCATGGGGTACTGGTGCTCTAATGGCACTTGGTTCAGTAAGTGTTGTCACAAACGc > 2:179482/1‑141 (MQ=255) tAATATTCGTCAAAATATATTTTGGGCATTAGGCTATAATATTACAGGCACGGAGATGGCGGTGTTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGGTCAGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTGAg > 2:735110/1‑141 (MQ=255) | TGATATCGGTATCGCCATTGGTACAGGTACAGAAGTTGCCATTGAAGCAGCTGATATTACTATTCTTGGTGGCGACTTGATGCTTATTCCTAAAGCCATTTATGCAAGTAAAGCAACCATTCGTAATATTCGTCAAAATCTATTTTGGGCATTCGGCTATAATATTGCCGGTATCCCTATAGCTGCATTGGGCTTACTTGCGCCATGGGTTGCTGGTGCTGCAATGGCACTAAGTTCAGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAG > USA300TCH1516_ALE/2698790‑2699053 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |