Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | G→T | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | 0 | G | T | 97.2% | 231.6 / ‑1.0 | 72 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (49/21); total (50/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 |
ATTGACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTCAACAGTA > USA300TCH1516_ALE/583973‑584265 | atTGACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTg > 2:83513/1‑151 (MQ=255) tGACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTggg > 1:601644/1‑151 (MQ=255) gACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGt < 2:642298/151‑1 (MQ=255) cAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACGTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGTCTATAATTGACTTTAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTCCTTGGGTAg > 4:261070/1‑151 (MQ=255) aTAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGaa > 4:207592/1‑151 (MQ=255) aGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGt < 2:965124/151‑1 (MQ=255) aGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGAAGGATTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGTCGAGGCTAAAATTGACATAAACGTGATAATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTACCTTGGGTAGAAAGt > 4:57419/1‑151 (MQ=255) aaTTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCt < 2:432115/151‑1 (MQ=255) 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aTTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTaaaaaa > 1:993432/1‑151 (MQ=255) gtgATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTAGAACTTAAAATTTTGCCTGCCTAGGCTAAAATTTACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAGGGGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGc > 2:635927/1‑151 (MQ=255) ttACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTA‑AAATTAATAAAAAAAGCActttctac < 1:468520/151‑8 (MQ=38) tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAAtt > 3:77292/1‑151 (MQ=255) aCCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAAttt > 1:751415/1‑151 (MQ=255) 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tatttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTGCTTTTTTTATTCATT‑TTAATAAATGCACCAAAAATTTAAATGGTGGTGTCTGCAt > 2:211796/1‑151 (MQ=255) tatttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAAt > 1:853071/1‑151 (MQ=255) tttatAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGt > 2:613999/1‑151 (MQ=255) taACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTTCTTTTTTTTTAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAATAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGCCTGTCTGc > 2:394297/1‑151 (MQ=255) aCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTa > 2:217920/1‑151 (MQ=255) 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aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTGGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTACAAAAAGCACCAAAAATTCAAATTGAGGGGTCTGAATGTCTGCTATCAttt > 2:621747/1‑150 (MQ=255) aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGTAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTg > 2:344821/1‑151 (MQ=255) aTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGa > 1:353050/1‑151 (MQ=255) tttATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGaa > 2:380343/1‑151 (MQ=255) ttATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAg > 3:210194/1‑151 (MQ=255) 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tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGc > 1:208630/1‑132 (MQ=255) tCAAGCACTTGTGGCCTTTGGTAGAAAGTGCTTTTTTTGTTGATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGATGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGATGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGATACTATCAAATTCaat > 4:86112/1‑149 (MQ=255) cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 1:393810/1‑151 (MQ=255) cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt < 2:815794/151‑1 (MQ=255) aaGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑CTAAAAAAAGCACCAAAAATTTCACTGTAGGTGTCTGAATCTCTGCTATCATTCAAGCT‑AAAAACCAACTACTTGATGAAATTGCTCAGGTACTATCAACTTCAGttt > 4:339499/1‑151 (MQ=255) aGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTc > 1:746255/1‑151 (MQ=255) aCTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTCAAc > 1:889380/1‑151 (MQ=255) tttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTCAACAGTa < 1:411156/151‑1 (MQ=255) | ATTGACAATAAGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATT‑TTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCT‑AAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTCAACAGTA > USA300TCH1516_ALE/583973‑584265 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |