| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 441295 = | 328 (0.920) | 18 (0.060) | 12/142 | NT | 6.3% | intergenic (+12/+101) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 441323 = | 243 (0.770) | intergenic (+40/+73) | guaA/USA300HOU_RS02075 | GMP synthase [glutamine‑hydrolyzing]/hypothetical protein | |||||
AATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/441393‑441295‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtggttttTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCATCAATAAGGCAATTTT > USA300TCH1516_ALE/441323‑441411 AATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAG > 1:6890439/1‑91AATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAG > 2:894527/1‑91AATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAG < 2:2727618/91‑1AATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAG < 1:903980/91‑1AATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAG > 1:326041/1‑91AATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTGCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAG < 1:3372835/91‑1 ATTAACACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGG < 1:2766367/91‑1 ATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGG < 2:1148349/91‑1 ATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGG < 2:3466920/91‑1 ATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGG < 2:5827448/91‑1 ATTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGG < 1:2485948/91‑1 TTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTTCTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGT < 2:5587172/91‑1 TTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGT < 1:4685626/91‑1 TTAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGT < 1:1969551/91‑1 TAAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTG > 2:412896/1‑91 AAAACGCAAACTTAGAACACCTTAGCCCTTTTGAGACCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAATACCACCCGTGCGAACAGGTtt > 2:1521262/1‑89 AAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGG < 2:2102832/91‑1 AAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGG > 2:6645132/1‑91 AAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGG < 1:5731082/91‑1 AAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGG > 1:3418098/1‑91 AAAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGG > 1:4597435/1‑91 AAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGT > 2:2733402/1‑91 AAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGT > 2:3042062/1‑91 AAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGT < 1:1368169/91‑1 AAACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGT < 2:3966511/91‑1 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 1:3210626/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 1:2163303/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 1:6302649/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 2:1523968/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 2:1823224/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 1:2809161/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 2:2368692/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 2:3602031/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 2:2433431/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 1:4761012/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 1:3211123/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 2:4345189/1‑91 AACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTT > 1:4521525/1‑91 ACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTT > 1:5726693/1‑91 ACGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTT < 1:6114541/91‑1 CGCAAACTTAGAACACCTTACCCCTTTTCCGTCCTTATTGTAATTTTCCAACTACTCAAATTAAAAACCACCCGTGCAAACAGGTGGTTTT > 1:7004092/1‑91 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ACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAA > 2:5785576/1‑91 ACCCGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAA > 2:353894/1‑91 CCCGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAAT > 1:3731771/1‑91 CGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTC > 2:6534953/1‑91 CGTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTC > 1:3192240/1‑91 GTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCA > 1:2429464/1‑91 GTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCA > 2:4118951/1‑91 GTGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTTAATTCA > 2:3796742/1‑91 TGCAAACAGGTGGTTTTTAATTTGAGTAGTTGGAAAATTACAATAAGGACGGAAAAGGGGTAAGGTGTTCTAAGTTTGCGTTTCAATTCAT > 1:850794/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |