| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 514600 = | NA (NA) | 11 (0.030) | 7/146 | NT | NA | intergenic (+2668/‑4095) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 514618 = | NA (NA) | intergenic (+2686/‑4077) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CCACCATTTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAAGATTTAAACGCGTTATTAATCTTGTGAGTGTTCTTTCGAACACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/514696‑514600‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaacactCACAAGATTAATAACGCGTTTAAATCTTTTTATAAAAGAACGTAACTTCATGTTAACGTTTGACTTATAAAAATGGTGGAAACATAGATT > USA300TCH1516_ALE/514618‑514707 CCACCATTTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAAGATTTAAACGCGTTATTAATCTTGTGAGTGTTCTTTCG > 2:6172124/1‑91CCACCATTTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAAGATTTAAACGCGTTATTAATCTTGTGAGTGTTCTTTCG < 1:2926238/91‑1CCACCATTTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAAGATTTAAACGCGTTATTAATCTTGTGAGTGTTCTTTCG < 2:260943/91‑1 ACCATTTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAACGATTTAAACGCGTTATTAATCTTGTGAGTGTTCTTTCGAA > 1:921647/1‑91 ACCATTTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAAGATTTAAACGCGTTATTAATCTTGTGAGTGTTCTTTCGAA > 1:961553/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |