| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 775565 | 276 (0.770) | 16 (0.050) | 9/142 | NT | 5.8% | coding (549/1182 nt) | nagA | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 775573 | 278 (0.880) | coding (557/1182 nt) | nagA | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase | |||||
GCTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/775467‑775565‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttgcacctTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < USA300TCH1516_ALE/775573‑775484 GCTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGT > 1:3345272/1‑91GCTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGT > 1:251943/1‑91 CTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTT > 1:4151563/1‑91 TCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTT < 2:5474609/91‑1 TCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTT < 2:6274288/91‑1 TCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTT > 2:4581281/1‑91 TCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTT > 2:4581939/1‑91 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG < 2:355699/91‑1 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG < 2:5828492/91‑1 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG < 1:3193269/91‑1 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG > 1:3446518/1‑91 CAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTG < 1:5418518/91‑1 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC > 1:2117104/1‑91 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC > 1:3881548/1‑91 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC > 1:3858081/1‑91 AACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGC > 2:4225879/1‑91 ACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCA > 2:2174750/1‑91 ACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCA < 1:3739423/91‑1 CATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCAC < 1:4721607/91‑1 ATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACC < 2:1074782/91‑1 ATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACC > 2:5915934/1‑91 ATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACC < 2:589935/91‑1 TCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT < 2:1558380/91‑1 TCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT < 1:1331725/91‑1 TCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT < 1:3334119/91‑1 CAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAA < 2:3590991/91‑1 TACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT < 1:751052/91‑1 ACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C < 2:5586670/91‑1 ACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C < 1:6859103/91‑1 ACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C < 1:5106268/91‑1 ACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C < 1:6260775/91‑1 CGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑A < 1:2480718/91‑1 CGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑A < 1:2861621/91‑1 CGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑A < 2:3310092/91‑1 CGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑A < 2:3413547/91‑1 CGTTGTACGCCAATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACGGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑A < 2:2360792/91‑1 TGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGT < 1:2967393/91‑1 ACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTACAACTT‑C‑AGGTGCA < 2:4504863/91‑1 TAACTGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACTTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAA < 1:3810251/91‑1 CGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACC‑TGAAGTTGA‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGT > 1:4806821/1‑91 AATAAAGATTATGACGTTTGCACC‑TGAAGTTGA‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATT > 1:2494632/1‑91 ATGACGTTTGCACC‑TGAAGTT‑GAAGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAA > 1:1134908/1‑91 ttggTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGG < 2:2659672/87‑1 TTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGC < 1:596566/91‑1 TTTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGC < 2:72973/91‑1 TTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCG > 2:40042/1‑91 TTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCG > 2:5164048/1‑91 TTGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCG < 1:4642852/91‑1 TTGCACCTTAAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCG < 2:6618814/91‑1 TGCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGT > 2:6597936/1‑91 GCACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTA < 1:5604134/91‑1 CACCTTCTACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTAC < 1:4633151/91‑1 CACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTAC > 1:966780/1‑91 CACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTAC < 1:5043698/91‑1 CACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTAC < 1:4057400/91‑1 CACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTAC < 2:5443657/91‑1 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA > 1:2250335/1‑91 ACCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACA > 1:2250311/1‑91 CCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAA < 1:2959766/91‑1 CCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAA < 1:6462402/91‑1 CCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAA > 1:1723896/1‑91 CCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAA > 1:1723030/1‑91 CCTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAA < 2:4600333/91‑1 CTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAAC < 2:813465/91‑1 CTTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAAC < 1:3333601/91‑1 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGTCGTACAACG > 2:6166838/1‑91 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG > 2:251943/1‑91 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < 2:2140747/91‑1 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG > 2:1516792/1‑91 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG > 1:6078931/1‑91 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGACTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < 1:5447782/91‑1 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCACTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < 1:4369976/91‑1 TTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCACTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < 1:4365724/91‑1 GCTCAACATCCGCAATACGTTGTACGCCCATTTATCGATAAAATTAAACATTTTCAAGAGACTGCTAACGGATTAATAAAGATTATGACGTTTGCACCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/775467‑775565‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttgcacctTCAACTT‑C‑AGGTGCAAACGTCATAATCTTTATTAATCCGTTAGCAGTCTCTTGAAAATGTTTAATTTTATCGATAAATGGGCGTACAACG < USA300TCH1516_ALE/775573‑775484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |