| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 805375 | 241 (0.670) | 15 (0.050) | 10/126 | NT | 6.7% | intergenic (‑300/+41) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 805384 | 230 (0.820) | intergenic (‑309/+32) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
AATGTTGTTTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/805269‑805375‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacaccaataagttGATTTTCCTAACTTATTGGTGTGTTTTTCATTTAGCATACATAATAGGTTACATTAAAATAACATTTTATACCAAAGTACACCAAAAGAA < USA300TCH1516_ALE/805384‑805295 AATGTTGTTTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAA < 2:2506645/91‑1AATGTTGTTTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAA > 1:2128339/1‑91 ATGTTGTTTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAA < 2:3085481/91‑1 TGTTGTTTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAga < 2:5591752/91‑3 TGTTGTTTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAA < 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USA300TCH1516_ALE/805384‑805295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |