| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1430185 = | 323 (0.900) | 15 (0.050) | 9/140 | NT | 5.6% | intergenic (+294/‑566) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1430212 = | 228 (0.730) | intergenic (+321/‑539) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase | |||||
ATAACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1430284‑1430185‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagcatcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGT > USA300TCH1516_ALE/1430212‑1430301 ATAACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑T < 2:6931904/91‑1ATAACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑T < 1:4176865/91‑1 TAACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TA > 2:6549669/1‑91 TAACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TA < 2:3769500/91‑1 AACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAG < 1:6193740/91‑1 AACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAG > 1:2882764/1‑91 AACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAG < 1:5727538/91‑1 AACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAG > 1:5087816/1‑91 AACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAG < 1:159647/91‑1 ACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGC > 1:2802303/1‑91 ACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGC > 1:320638/1‑91 acGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCA > 2:1366968/3‑91 CTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCA < 1:6072974/91‑1 CTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCA < 2:3074652/91‑1 TGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCAT > 2:2011873/1‑91 GTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATC > 1:3615111/1‑91 GTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATC > 2:1027203/1‑91 TATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCG > 1:7005831/1‑91 ATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGA < 2:61282/91‑1 ATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGA > 1:2994777/1‑91 tgTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG < 2:1848883/89‑1 TTTGTAGTTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG < 1:5850699/91‑1 TTTGTACTTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG > 2:3450733/1‑91 TTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG > 1:3054789/1‑91 TTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG > 1:2697093/1‑91 TTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG > 2:4846405/1‑91 TTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG < 1:5509253/91‑1 TAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGT < 2:2049961/91‑1 TTTAGAGAAAGAGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCT < 2:4610261/91‑1 TAGCGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTGAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTT < 1:6494633/91‑1 AGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTT > 1:2355274/1‑91 AGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTT > 1:2353969/1‑91 GGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTA‑ATATTTATAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTT > 1:127556/1‑91 TGCTATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAG > 1:2541804/1‑91 GCTATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGT > 1:828404/1‑91 GCTATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTCTAATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACTCCCCTTCGCTGAATTACAACTACcct > 1:5852111/1‑88 ATAGATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTAT > 1:831262/1‑91 ATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTAT > 2:4396306/1‑91 ATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTAT > 1:3797272/1‑91 ATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTAT > 1:3796269/1‑91 ATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTAT > 1:6808650/1‑91 ATAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTAT > 1:781017/1‑91 TAAATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCATCATAGTGAAGATCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATC > 2:5178656/1‑91 ATAT‑TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAAC < 1:2049961/91‑1 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT > 2:1648232/1‑91 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT < 2:1455473/91‑1 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT < 1:2849327/91‑1 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT > 1:1591405/1‑91 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT > 1:2807168/1‑91 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT > 2:2859851/1‑91 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT > 2:4010688/1‑91 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT < 2:835431/91‑1 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT > 2:6162805/1‑91 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT < 2:6764413/91‑1 TAGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCAT > 1:3789066/1‑91 AGCATCGAGGTGTCCTTTTTCTTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATT > 1:6385039/1‑91 AGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATT > 2:4220109/1‑91 AGCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATT > 2:6131103/1‑91 GCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTA < 2:4812830/91‑1 GCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTA < 1:2670964/91‑1 GCATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTA < 2:611617/91‑1 ATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAA < 1:457804/91‑1 ATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAA > 2:6144327/1‑91 ATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAA < 1:2225191/91‑1 ATCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAA > 2:6245528/1‑91 TCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAGATTACAAATACAGTTATCAACGCATTACAA > 2:6919593/1‑91 TCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACTGTTATCAACGCATTAAAA > 1:6869269/1‑91 TCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAA > 2:2860092/1‑91 TCGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAA > 1:4253289/1‑91 CGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAG > 2:713135/1‑91 CGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAG < 2:2808100/91‑1 CGAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAG > 2:2625986/1‑91 GAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGA > 1:6509453/1‑91 GAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAA > 2:2819486/1‑88 GAGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAA < 1:2819486/88‑1 AGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAG > 1:1914289/1‑91 AGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAG > 2:5208553/1‑91 AGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAG > 2:1094220/1‑91 AGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAG < 2:1061549/91‑1 AGGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAG < 1:312939/91‑1 GGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGT < 2:2255372/91‑1 GGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGT < 2:1867366/91‑1 GGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGT < 1:2952416/91‑1 GGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGT < 1:1583640/91‑1 GGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGT > 1:4358908/1‑91 GGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAG > 2:1010556/1‑90 GGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCCCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAG < 1:1010556/90‑1 ATAACTGTATTTGTAATTTAGAGAAGGGGTGTTCACTATGCTGATGTGTTAAAAAATAAAATAAAAAGGACACCTCGATGCTATAAATAT‑TAGCATCGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1430284‑1430185‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagcatcgagGTGTCCTTTTTATTTTATTTTTTAACACATCAGCATAGTGAACACCCCTTCTCTAAATTACAAATACAGTTATCAACGCATTAAAAGAGT > USA300TCH1516_ALE/1430212‑1430301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |