| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1765719 = | 322 (0.900) | 19 (0.060) | 15/146 | NT | 6.5% | intergenic (‑26/‑377) | valS/tag | Valine‑‑tRNA ligase/DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1765753 = | 250 (0.770) | intergenic (‑60/‑343) | valS/tag | Valine‑‑tRNA ligase/DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1 | |||||
CAATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1765815‑1765719‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatattCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT > USA300TCH1516_ALE/1765753‑1765842 CAATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATG < 1:1613831/91‑1CAATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATG < 1:1613862/91‑1CAATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATG < 1:6237810/91‑1CAATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATG > 1:177736/1‑91CAATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATG < 2:1804814/91‑1 AATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGGATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGG < 2:5984521/91‑1 AATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGGATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGG < 2:3280411/91‑1 AATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGG < 2:6637847/91‑1 AATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGG < 1:277060/91‑1 AATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATACTTCTAGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGG > 1:4947639/1‑91 ATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATGGGATGGA < 2:4420165/91‑1 ATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGA > 2:5998271/1‑91 ATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGA > 1:263376/1‑91 ATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGA > 1:2952977/1‑91 ATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGA > 1:1899091/1‑91 ATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGA > 1:1780029/1‑91 TTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGAT < 2:10720/91‑1 TTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGAT < 1:4633993/91‑1 TTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGAT < 2:1644166/91‑1 TTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGAT > 2:6349487/1‑91 TATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATA > 1:6058357/1‑91 TATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATA > 1:2133212/1‑91 ATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCATCCTATATACAAATAGGACGGATAT < 1:2314697/91‑1 TGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTATTCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT < 2:6476037/91‑1 TGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT < 2:5075643/91‑1 TGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT < 2:5358358/91‑1 TGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT > 1:4724985/1‑91 TGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT < 2:6283501/91‑1 TGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT > 2:6664364/1‑91 TGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT > 1:1768068/1‑91 TGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCATCCTATATACAAATAGGACGGATATTCCGTGGTACCACCTATA < 2:3034844/91‑1 TTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCATCCTATATACAAATAGGACGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAA < 1:1227522/91‑1 TCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCATCCTATATACAAATAGGACGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATT < 1:6999699/91‑1 GGAATATACGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATTCCATGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAA > 1:6721394/1‑91 CCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATT > 2:2185182/1‑91 CGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTG > 1:6854022/1‑91 GTCCTATTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGG > 1:5622441/1‑91 TCCTATTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGA > 2:2784192/1‑91 CCTATTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAA > 2:6323200/1‑91 CTATTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAAT > 1:6070792/1‑91 TTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAAT > 2:4856582/1‑91 TTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAAT > 1:697355/1‑91 TTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAAT > 1:3023009/1‑91 TTTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAAT > 1:5371055/1‑91 TTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATC > 1:2193837/1‑91 TTGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATC > 2:2283138/1‑91 TGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCA > 2:3283593/1‑91 TGTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCA > 1:5087142/1‑91 GTATATAGGATGGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCAT > 1:471539/1‑91 GGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATTATACCAATACTAT > 1:5072574/1‑91 GGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTAT > 2:4111777/1‑91 GGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTAT > 1:6011803/1‑91 GGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTAT < 1:5612611/91‑1 GGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTAT > 1:5129802/1‑91 GGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTAT > 1:1532329/1‑91 GGATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTAT > 1:1530423/1‑91 GATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATC < 2:5802752/91‑1 GATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATC < 1:6118675/91‑1 GATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATC > 1:439548/1‑91 ATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCA > 1:624697/1‑91 ATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCA < 1:4634849/91‑1 ATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCA < 1:1669346/91‑1 ATATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCA > 2:4692689/1‑91 TATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCAT < 2:6222198/91‑1 TATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCAT > 2:9589/1‑91 TATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCAT < 1:1794984/91‑1 TATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCAT < 2:1426417/91‑1 ATTCCGTGGTACCCCCTATATTCAAGAAGGATGAGTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTAGAATAATCATACAAATACTATCATC < 1:2544363/91‑1 ATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATC < 1:1282041/91‑1 ATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATC < 2:1338181/91‑1 ATTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATC > 1:4404660/1‑91 TTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTGACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCG < 2:6744806/91‑1 TTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCG > 2:4503320/1‑91 TTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCG < 1:6895524/91‑1 TTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCG < 2:5820103/91‑1 TTCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCG < 2:5819913/91‑1 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATTATACCAATACTATCATCGT < 2:6523482/91‑1 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT > 1:5513294/1‑91 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT < 2:2855940/91‑1 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT > 1:1740138/1‑91 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT > 1:1440367/1‑91 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT < 2:3654989/91‑1 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT < 2:3655755/91‑1 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTAT > 2:1492702/1‑85 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTAT < 1:1492702/85‑1 TCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATAGCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT < 1:5801001/91‑1 CAATTATGTTAAAAGAGTGAATTTGATATTAATCATCCTTCTTGAATATAGGTGGTACCACGGAATATCCGTCCTATTTGTATATAGGATGGATATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1765815‑1765719‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatattCCGTGGTACCACCTATATTCAAGAAGGATGATTAATATCAAATTCACTCTTTTAACATAATTGGAATAATCATACCAATACTATCATCGT > USA300TCH1516_ALE/1765753‑1765842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |