| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2087015 | 348 (0.970) | 22 (0.070) | 14/142 | NT | 6.3% | intergenic (‑166/‑519) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2087021 | 350 (1.110) | intergenic (‑172/‑513) | scn_3/chp | Staphylococcal complement inhibitor/Chemotaxis inhibitory protein | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGGTAAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2086917‑2087015‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aggtaagcaTTTCGGTGCTTACCTTTTTTTGTTTTTCTATAAATACAATAAGGTATGTCAATTTGATAATTTATTAATTTTCATTTAATAAGAAGATCT < USA300TCH1516_ALE/2087021‑2086932 ATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAA > 1:4375857/1‑91ATTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAAAAAAAAAA < 2:1393275/91‑1 TTCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAG < 1:1712750/91‑1 TCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGG > 2:2100303/1‑91 TCATTAACTATATAGATCTTCTTATTAAATGAAAATTAATAAATTATCAAATTGACATACCTTATTGTATTTATAGAAAAACAAAAAAAGG < 1:6167695/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |