| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2687471 = | 239 (0.670) | 9 (0.030) | 7/138 | NT | 4.0% | intergenic (+25/+44) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2687511 = | 222 (0.720) | intergenic (+65/+4) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2687571‑2687471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgctcatttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2687511‑2687600 AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT < 1:3591360/91‑1AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT > 1:301752/1‑91AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT < 1:6085785/91‑1AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT > 2:531363/1‑91AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT < 2:3070626/91‑1 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCCCACAGCGAATCATTTTCCAGTGAAATAATTAAAAAAATGAGCACACGCAAGGGCGACCTGATG > 2:1141596/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 2:3713958/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 1:1484788/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG < 1:600690/91‑1 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG < 1:4606481/91‑1 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 1:4437561/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 2:98002/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGACCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 2:3714091/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC > 2:487791/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC < 1:712546/91‑1 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC > 1:6087272/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC > 2:5392258/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC < 1:4507784/91‑1 CGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCT < 2:47914/91‑1 CGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCT < 2:5803390/91‑1 GTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTC > 2:2634011/1‑91 GTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTC > 2:2081172/1‑91 GTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTC < 1:6217730/91‑1 GTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTC < 1:5879895/91‑1 TGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCA < 1:5955201/91‑1 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACGCAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCAT > 1:6760896/1‑91 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCAT > 2:863248/1‑91 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCAT > 1:1922304/1‑91 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCAT > 1:2389049/1‑91 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCAT > 1:5784622/1‑91 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCAT > 1:4253861/1‑91 ATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATT > 1:5941692/1‑91 ATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATT < 2:5608232/91‑1 ATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATT < 1:1906688/91‑1 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT > 1:5014393/1‑91 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT < 2:2331001/91‑1 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT < 2:2131011/91‑1 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT < 1:2279043/91‑1 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT < 1:4191163/91‑1 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT < 2:4920872/91‑1 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT < 1:2932880/91‑1 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CATTTTTTTAAGTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTAACATGTACCACATTTTC < 2:2746110/91‑1 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC > 2:5208672/1‑91 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC < 1:1358343/91‑1 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC < 2:5532427/91‑1 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC < 1:3070626/91‑1 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC > 2:4679188/1‑91 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC < 2:1067250/91‑1 TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCT < 1:2635625/91‑1 TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCT > 1:1823727/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |