| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2731249 = | 346 (0.970) | 17 (0.060) | 11/138 | NT | 5.8% | intergenic (+45/+36) | USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2731282 = | 254 (0.830) | intergenic (+78/+3) | USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGGCTTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2731348‑2731249‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGTT > USA300TCH1516_ALE/2731282‑2731371 AATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTG > 2:6259057/1‑91 ATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGG < 2:645363/91‑1 ATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGG > 2:1915644/1‑91 ATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGG < 2:1570534/91‑1 ATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGG < 2:5925239/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |