| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | CP000731 | 12030 = | 466 (0.420) | intergenic (+193/+30) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
AGTATTATTACTGTAGTTTCAGTTAATGATGAAGATACTTAAAACGTTCATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/12101‑12000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtacgcttttttAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTAT > CP000731/12030‑12119 AGTATTATTACTGTAGTTTCAGTTAATGATGAAGATACTTAAAACGTTCATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTG > 1:3214912/1‑91 GTATTATTACTGTAGTTTCAGTTAATGATGAAGATACTTAAAACGTTCATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGT < 1:6448739/91‑1 GTATTATTACTGTAGTTTCAGTTAATGATGAAGATACTTAAAACGTTCATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGT < 1:3701221/91‑1 GTATTATTACTGTAGTTTCAGTTAATGATGAAGATACTTAAAACGTTCATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGT > 1:1910111/1‑91 TATTATTACTGTAGTTTCAGTTAATGATGAAGATACTTAAAACGTTCATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTA > 2:2261813/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |