Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 722,987 | C→T | 5.1% | T42I (ACA→ATA) | feuB → | Iron‑uptake system permease protein FeuB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 722,987 | 0 | C | T | 5.1% | 1612.5 / 49.8 | 464 | T42I (ACA→ATA) | feuB | Iron‑uptake system permease protein FeuB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (225/214); new base T (9/15); total (235/229) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
Only 100 of 478 total aligned reads displayed.
TTTTATCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGCAGCAGT > USA300TCH1516_ALE/722897‑723077 | ttttATCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTAc < 2:1528825/91‑1 (MQ=255) aTCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAAtt > 1:5142674/1‑91 (MQ=255) tCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATta > 2:3914092/1‑91 (MQ=255) ccTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATtat < 1:1682728/91‑1 (MQ=255) cTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAAttgta < 1:5829341/91‑4 (MQ=255) tataTTATAGGTTTAAGTATGATACCACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATag < 2:6497131/91‑1 (MQ=255) atatTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATaga < 2:42234/91‑1 (MQ=255) tattatAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATagtg < 2:4775275/91‑3 (MQ=255) tattatAGGTTTAAGTATGATACTACGAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAATTGTagag < 2:6893662/91‑1 (MQ=255) attatAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAgg < 2:2555992/91‑1 (MQ=255) attatAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTGATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTAAAGCCTCTACAATTATAGAgg < 2:6043619/91‑1 (MQ=255) ttatAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGc < 2:6270599/91‑1 (MQ=255) ttatAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGc < 1:1757416/91‑1 (MQ=255) tataGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAATTGTAGAGGCt < 2:3209046/91‑1 (MQ=255) tataGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAATTGTAGAGGCt < 2:2732465/91‑1 (MQ=255) tataGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCt < 2:4848699/91‑1 (MQ=255) tataGGTGTAGGTATGATAGTACTAAGCACACTATTTATGTCGACATTAATAGGTGACGGCAAAATTCAAGCCTCTATAATTGTAGAGGCt < 2:5361711/91‑1 (MQ=255) ataGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTa > 1:3852155/1‑91 (MQ=255) taGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAATTGTAGAGGCttg < 1:3730240/91‑3 (MQ=39) aGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAtt > 2:2280774/1‑91 (MQ=255) ggTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAATTGTAGAGGc > 2:1456478/1‑86 (MQ=255) ggTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTCTAGAGGCTAttt > 2:4646780/1‑91 (MQ=255) ggTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAttt > 1:4889891/1‑91 (MQ=255) ggTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAttt > 2:3088568/1‑91 (MQ=255) ggTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAttt < 1:3621390/91‑1 (MQ=255) ggTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAttt > 1:2480284/1‑91 (MQ=255) ttAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTa > 2:1295542/1‑91 (MQ=255) aaGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCTAATTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAAt < 2:4356466/91‑1 (MQ=255) aGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAAtt < 1:6513235/91‑1 (MQ=255) gTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATta > 2:1033806/1‑91 (MQ=255) gTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATta < 1:338685/91‑1 (MQ=255) gTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATta > 1:6223106/1‑91 (MQ=255) gTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATta < 2:1984923/91‑1 (MQ=255) tGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATaa > 1:3589818/1‑91 (MQ=255) tGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATaa > 1:3463444/1‑91 (MQ=255) tGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATaa > 2:2430367/1‑91 (MQ=255) tGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATaa > 1:2134741/1‑91 (MQ=255) gATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAAt < 2:3853173/91‑1 (MQ=255) aTACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATc > 2:2177317/1‑91 (MQ=255) aTACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATc < 1:2986890/91‑1 (MQ=255) aTACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATc > 1:3768568/1‑91 (MQ=255) actactAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCt > 2:5676421/1‑91 (MQ=255) actactAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTAAAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATcat > 2:1781203/1‑89 (MQ=255) ctactaATCACACTATTTATTTCTACATTAGTAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTa < 2:6920919/91‑1 (MQ=255) tactaATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAg > 2:2592495/1‑91 (MQ=255) actaATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGc < 1:6329007/91‑1 (MQ=255) ctaATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCa > 1:5229031/1‑91 (MQ=255) aTCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATc > 1:4784474/1‑91 (MQ=255) cacaCTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCaa < 1:5909441/91‑1 (MQ=255) cacaCTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCaa > 2:6705217/1‑91 (MQ=255) cacaCTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCaa < 1:5960898/91‑1 (MQ=255) acacTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAAc < 1:2060242/91‑1 (MQ=255) cacTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAg > 2:2623390/1‑82 (MQ=255) cacTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAg < 1:2623390/82‑1 (MQ=255) cacTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACa > 1:2199361/1‑91 (MQ=255) acTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAg < 2:780898/91‑1 (MQ=255) cTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGc > 1:4700233/1‑91 (MQ=255) cTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGc > 1:5767063/1‑91 (MQ=255) tatttatgTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCa < 1:5569750/91‑1 (MQ=255) tttatttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCaaa < 2:5523264/91‑1 (MQ=255) ttatttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCaaaa < 1:5668317/91‑1 (MQ=255) tatttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAc < 2:1592192/91‑1 (MQ=255) tatttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAc < 1:3150717/91‑1 (MQ=255) tatttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAc < 2:3614206/91‑1 (MQ=255) tttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAcat > 1:857779/1‑91 (MQ=255) cTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAcatcat > 1:749920/1‑91 (MQ=255) tACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACatcatc > 1:6796929/1‑91 (MQ=255) cATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCaa < 2:5280362/91‑1 (MQ=255) tAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTATTTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATga > 2:1160912/1‑91 (MQ=255) tAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATga > 1:6717424/1‑91 (MQ=255) tAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATga > 2:6130314/1‑91 (MQ=255) tAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGAt > 2:6800124/1‑91 (MQ=255) tAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGAt < 2:858234/91‑1 (MQ=255) aGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGAtt < 2:96998/91‑1 (MQ=255) ggTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTa < 1:4175167/91‑1 (MQ=255) ggTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTa < 1:6380176/91‑1 (MQ=255) tGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATg > 2:3695815/1‑83 (MQ=255) tGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAgg < 1:1257570/91‑1 (MQ=255) gACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGa > 1:1866166/1‑91 (MQ=255) aCGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGAt > 1:227844/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCa < 2:1642398/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCa < 1:4646780/91‑1 (MQ=255) aaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGa < 1:1033806/91‑1 (MQ=255) aaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGa < 1:4303915/91‑1 (MQ=255) aTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGaa < 2:4064642/91‑1 (MQ=255) ttCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGaaa > 2:5906003/1‑91 (MQ=255) tCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAat < 1:1549975/91‑1 (MQ=255) cAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAata > 2:4476928/1‑91 (MQ=255) aGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAAtata > 2:5176548/1‑91 (MQ=255) gCCTCTATAATTGTAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATag > 1:5355053/1‑91 (MQ=255) gCCTCTATAATTGTAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATag > 2:2823810/1‑91 (MQ=255) gCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATag > 1:1169205/1‑91 (MQ=255) gCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATag > 1:6129199/1‑91 (MQ=255) ctctACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATagca < 2:2971415/91‑1 (MQ=255) ctctACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATagca > 1:2769667/1‑91 (MQ=255) ctACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATagcagc < 1:4533035/91‑1 (MQ=255) tACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAgcagca < 2:3371600/91‑1 (MQ=255) aCAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGcagcag < 1:39554/91‑1 (MQ=255) cAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGCAGCAGt < 1:4020356/91‑1 (MQ=255) cAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGCAGCAGt > 1:5010797/1‑91 (MQ=255) | TTTTATCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGCAGCAGT > USA300TCH1516_ALE/722897‑723077 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |