| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 21026 = | NA (NA) | 70 (0.080) | 28/168 | 26.9 | 16.2% | coding (45/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027 | IS431mec transposase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 36492 = | 388 (0.960) | coding (60/675 nt) | USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
AAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTgtagcc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/21115‑21026‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAA > USA300TCH1516_ALE/36492‑36586 AAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG < 2:930121/91‑1AAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG > 2:2261130/1‑91AAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG > 1:804267/1‑91AAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG < 1:1026787/91‑1AAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTG < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |