| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 517640 | NA (NA) | 81 (0.220) | 27/168 | 27.5 | NA | intergenic (+5708/‑1055) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 517643 | NA (NA) | intergenic (+5711/‑1052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
GATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/517545‑517640‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttgcTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTATTAAC < USA300TCH1516_ALE/517643‑517554 GATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTACTCAAAATAAA‑‑TG‑T > 2:4678568/1‑91GATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCGAAATAAA‑‑TG‑T < 2:5845964/91‑1GATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑T > 2:4927575/1‑91GATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑T < 1:1960960/91‑1GATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGCGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑T > 2:6009531/1‑91 ATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TT > 2:3714301/1‑91 ATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TT < 2:5162788/91‑1 ATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TT > 2:5096215/1‑91 ATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TT < 2:1903617/91‑1 ATGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TT < 1:3306018/91‑1 TGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTT > 1:2656689/1‑91 TGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTT > 2:1999420/1‑91 TGATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAAAAAAAATAAA‑‑TG‑TTT < 2:2753258/91‑1 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 1:335469/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 1:336940/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 1:5072823/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 1:4699397/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 1:4430925/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 1:5663322/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 1:2416476/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT < 1:2273240/91‑1 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 2:4443419/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTT > 1:6843602/1‑91 GATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAAGCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑ATTT > 1:6514042/1‑91 ATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTG > 2:6536566/1‑91 ATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTG > 2:31706/1‑91 ATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTG > 2:1459066/1‑91 ATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTG > 2:5793653/1‑91 ATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTG > 1:2552431/1‑91 ATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTG > 1:3007154/1‑91 ATGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTG < 2:3781184/91‑1 TGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGC < 2:575928/91‑1 TGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGC < 1:881049/91‑1 TGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGC > 1:3882442/1‑91 TGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGC > 2:2113175/1‑91 TGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGC > 2:2651215/1‑91 TGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGC > 2:5946879/1‑91 TGAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑CTTTGC > 2:2991655/1‑91 GAGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCT < 2:6048189/91‑1 AGGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTT < 2:3805480/91‑1 GGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTC < 1:485023/91‑1 GGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTC < 2:1867744/91‑1 GGTTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTC < 1:1601700/91‑1 ggTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCG < 2:6552581/89‑1 gTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGC < 2:6168992/90‑1 TTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGC < 1:4080630/91‑1 TTAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGC < 2:3099141/91‑1 TAATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGCA < 1:4124403/91‑1 agTAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGCAA < 2:5222270/89‑1 AATAGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGCAA < 1:1033505/91‑1 gGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGCAAAAC < 2:5445132/90‑1 AGGTTCGAGGTGGAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGCAAAAC < 1:4595463/91‑1 GAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑T < 1:2808864/64‑1 GAAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑T > 2:2808864/1‑64 AAGCATGGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAAAGTGATTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTG < 1:5243652/91‑1 GGTGACATGTGGAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCT < 2:679372/91‑1 GAGCTGACGAATACTAATCGATCGAAGACTTAATCAAAATAAA‑‑TG‑TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTA < 1:979638/91‑1 TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAGGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTA > 2:1233709/1‑91 TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTA > 1:6059552/1‑91 TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTA > 1:5163336/1‑91 TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTA < 1:1861440/91‑1 TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTA < 1:1331116/91‑1 TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTA > 1:6631679/1‑91 TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTA > 1:4299987/1‑91 TTTTGCTTCGCAAAACATTTATTTTGATTAAGTCTTCGATCGATTAGTATTCGTCAGCTCCACATGTCACCATGCTTCCACCTCGAACCTA > 2:6857279/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |