| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 514644 = | NA (NA) | 11 (0.090) +TGG |
3/252 | NT | 79.0% | intergenic (+2712/‑4051) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 558945 = | 3 (0.020) | intergenic (+158/+3644) | USA300TCH1516_00505/gabR | tRNA‑Ile/HTH‑type transcriptional regulatory protein GabR | |||||
TTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/514689‑514644‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCA > USA300TCH1516_ALE/558945‑559084 ||| TTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGG > 2:815010/1‑141 GTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTA < 2:401977/141‑1 AACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTA > 2:516067/1‑141 TTATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAAT < 2:518179/141‑1 TTATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAAT < 1:912248/141‑1 ATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGG > 2:502307/1‑141 ATAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGG > 2:431136/1‑141 TAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCCGAGATTTCCGAATGGG < 2:495832/141‑1 TAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGG > 1:725288/1‑141 TAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGG > 1:231143/1‑141 TAAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGG > 2:450030/1‑141 AAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGG > 1:1076289/1‑141 AAAAATGGTGGAAACATAGATTAAGATATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGG < 4:201039/141‑1 AAAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGA < 2:763664/141‑1 AAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAA < 1:693799/141‑1 AAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAA < 1:93919/141‑1 AAATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAA > 2:448569/1‑141 AATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAA > 2:685738/1‑141 AATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAA > 4:228579/1‑141 AATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAA > 1:816357/1‑141 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAcc > 2:168039/1‑139 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAC < 1:1086079/141‑1 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAC < 1:962039/141‑1 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAC < 1:961878/141‑1 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAC < 3:359458/141‑1 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAC > 2:795685/1‑141 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAAC < 2:804749/141‑1 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGAT < 2:344660/64‑1 ATGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGAT > 1:344660/1‑64 TGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACC > 2:16287/1‑141 TGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACC < 1:781589/141‑1 TGGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACC > 3:294182/1‑141 GGTGGAAACATAGATTAAGTTTTTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCC < 1:226573/141‑1 GGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCC < 2:764668/141‑1 GGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCC > 3:187171/1‑141 GGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCC < 2:764792/141‑1 GGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCC < 1:799600/141‑1 GGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCC > 1:985440/1‑141 GGTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCC > 2:302613/1‑141 GTGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCA > 3:263941/1‑141 ||| TTTTATAAGTCAAACGTTAACATGAAGTTACGTTCTTTTATAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/514689‑514644‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGAAACATAGATTAAGTTATTAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGATGAAGGACGTTACTAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCA > USA300TCH1516_ALE/558945‑559084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |