| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2543400 | 115 (0.920) | 5 (0.040) | 5/240 | NT | 4.3% | intergenic (+194/‑373) | hlgA/hlgC_2 | Gamma‑hemolysin component A/Gamma‑hemolysin component C |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2543418 | 118 (1.020) | intergenic (+212/‑355) | hlgA/hlgC_2 | Gamma‑hemolysin component A/Gamma‑hemolysin component C | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2543253‑2543400‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaacttgaTAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGG < USA300TCH1516_ALE/2543418‑2543279 CAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTT < 1:968169/141‑1CAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTT < 2:194493/141‑1 GATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAAC > 3:382653/1‑141 ATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAACTTAACT < 4:282840/141‑1 TTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTTTTAGTATTAATTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTT > 2:270776/1‑141 TTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGA < 2:562599/141‑1 TTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTCCTCAGACTAAAGTATCGCACCATAGTAGATACACAAATAATACAAAAGAAACAATTTAACTTGA > 1:915485/1‑141 TTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTG > 1:684488/1‑138 TTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTG < 2:684488/138‑1 TAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTTATTTTTATAAGAATAAAGTATTGAAACATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACGTGATAAGATTTATTTATGCCT‑TCAAGTTAAATT > 2:770688/1‑141 TAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATT < 1:773127/141‑1 TTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTT < 2:202186/141‑1 TAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATT < 1:7630/141‑1 TAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGA‑AAGCTTAAATAAATATTATCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATT < 2:7630/141‑1 TTAACTTGATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATG < 1:489385/141‑1 TTAACTTGATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATG < 1:489476/141‑1 AACTTGATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTT > 3:261908/1‑141 TTGATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATA < 1:916068/141‑1 TGATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAA < 2:749245/141‑1 ATAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGG < 1:558346/141‑1 CAGGATTTTTTAACAAATTGAATCAGCCTTATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAACTTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2543253‑2543400‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaacttgaTAATATTTATTTAAGCTT‑TCAAGTTAAATTGTTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTTCGATACTTTATTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATAAGG < USA300TCH1516_ALE/2543418‑2543279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |