| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,191,016 | C→G | 6.5% | T241T (ACC→ACG) | mraY → | Phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,191,016 | 0 | C | G | 6.5% | 343.0 / 11.4 | 104 | T241T (ACC→ACG) | mraY | Phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/39); new base G (2/5); total (60/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACATTATCTGTTATGTTACAAGTCGCTAGCTTTAAATTGACTGGAAAGCGTATATTTAAAATGAGTCCGATTCATCA > USA300TCH1516_ALE/1190879‑1191156 | ttAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCAtt < 1:805007/141‑1 (MQ=255)ttAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCAtt > 1:80498/1‑141 (MQ=255) aGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTc > 2:128669/1‑141 (MQ=255) ggAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACTATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCa > 2:485936/1‑141 (MQ=255) 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tCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTAt < 2:291013/141‑1 (MQ=255) cTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACGATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATc < 2:1070870/141‑1 (MQ=255) cTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATc > 2:573665/1‑141 (MQ=255) tGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCa < 3:193841/141‑1 (MQ=255) tGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCa < 1:131178/141‑1 (MQ=255) gTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCAt < 2:11969/141‑1 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ggATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTACTCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTa > 4:338973/1‑141 (MQ=255) ggATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTa > 4:298149/1‑141 (MQ=255) gATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTaa > 1:137965/1‑141 (MQ=255) aTTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCAtt < 1:876785/85‑1 (MQ=255) aTTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCAtt > 2:876785/1‑85 (MQ=255) aTTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAAt > 3:196403/1‑141 (MQ=255) ttttACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTg < 1:749249/141‑1 (MQ=255) ttttACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTg > 1:159049/1‑141 (MQ=255) ttttACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTg < 1:847488/141‑1 (MQ=255) tttACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACGATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGa < 2:330037/141‑1 (MQ=255) ttACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGaa < 1:726628/141‑1 (MQ=255) cATATAANATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACAt < 2:816205/141‑1 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1:1081453/1‑141 (MQ=255) ggtggtATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACATTATCTGTTATGTTACAAGTCGCTAGCTTTAAATTGACTGGAAAGCGTATATTTaaa > 2:463307/1‑141 (MQ=255) ggtggtATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACATTATCTGTTATGTTACAAGTCGCTAGCTTTAAATTGACTGGAAAGCGTATATTTaaa > 1:627073/1‑141 (MQ=255) ggtggtATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACATTATCTGTTATGTTACAAGTCGCTAGCTTTAAATTGACTGGAAAGCGTATATTTaaa > 3:450298/1‑141 (MQ=255) tggtATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATGAATTTTTATGGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACATTATCTGTTATGTTACAAGTCGATAGCTTTAAATTGACTGGAAAGCGTATATTTAAAAt > 1:296487/1‑141 (MQ=255) gtATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACATTATCTGTTATGTTACAAGTCGCTAGCTTTAAATTGACTGGAAAGCGTATATTTAAAATGa > 1:539387/1‑141 (MQ=255) 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TTAGGAGAAACGGCAATTGGTATTTTCTGTATCATTATGTTGTTTGCACTTTTAGGATTTTTACCATATAACATTAACCCTGCTAAAGTGTTTATGGGAGATACAGGTAGCTTAGCTTTAGGTGGTATATTTGCTACCATTTCAATCATGCTTAATCAGGAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACATTATCTGTTATGTTACAAGTCGCTAGCTTTAAATTGACTGGAAAGCGTATATTTAAAATGAGTCCGATTCATCA > USA300TCH1516_ALE/1190879‑1191156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |