| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,315,615 | C→T | 5.5% | T299T (ACC→ACT) | korA → | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,315,615 | 0 | C | T | 5.5% | 283.2 / 4.5 | 91 | T299T (ACC→ACT) | korA | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/47); new base T (3/2); total (42/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
GCTGCTGTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAAC > USA300TCH1516_ALE/1315475‑1315752 | gctgctGTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATAcc < 1:786443/141‑1 (MQ=255)gctgctGTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATAcc > 1:791397/1‑141 (MQ=255) tgctgTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCa < 1:401282/141‑1 (MQ=255) gctgTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCaa > 2:201070/1‑141 (MQ=255) ctgTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAAc < 1:978586/141‑1 (MQ=255) ctgTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCAATAGTCATTATTAATACTCAAc < 3:16544/141‑1 (MQ=255) tgTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACg < 3:142559/141‑1 (MQ=255) tgTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACg < 2:723296/141‑1 (MQ=255) gTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGa > 3:281456/1‑141 (MQ=255) gTAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGa > 2:435826/1‑141 (MQ=255) tAACTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAg < 1:911997/141‑1 (MQ=255) aaCTATGGCTATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTACAGGTTTATCTCTAATGACGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAgg < 1:648332/141‑1 (MQ=255) tGGCGATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGAc < 2:195999/141‑1 (MQ=255) tATTGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTc < 1:43298/141‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTAc < 2:850172/141‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTAc < 2:772593/141‑1 (MQ=255) ggTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCACTATTAATACTCAACGAGGTGGACCTTCTACt < 2:414338/141‑1 (MQ=255) gTGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTg > 1:595032/1‑141 (MQ=255) tGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGTTACAGGTGTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGTTTATCTGGTATGACTGAAAAGACATTGGTCATCATTACTACCCAACGAGGTGGACCTTCTACttg < 4:176695/141‑3 (MQ=255) tGCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTgg < 3:416277/141‑1 (MQ=255) gCAAATTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGa < 2:828220/141‑1 (MQ=255) gCAAATTATGGTGGAGCCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGa > 1:872809/1‑141 (MQ=255) aaaTTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGAtt > 1:988316/1‑141 (MQ=255) aTTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTAc < 2:353355/141‑1 (MQ=255) aTTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTAc < 2:353376/141‑1 (MQ=255) aTTATGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTAc < 2:666423/141‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTa < 2:330447/141‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTa > 4:258240/1‑141 (MQ=255) tggAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGaa > 1:938611/1‑141 (MQ=255) ggAGTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATCCCCAACGAGGTGGACCTTCTGCTGAATTACCTACGaaa > 2:291573/1‑141 (MQ=255) gTCAGAGCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACaa < 1:72157/141‑1 (MQ=255) gagCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAAc < 3:320178/141‑1 (MQ=255) gagCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAAc < 1:711580/141‑1 (MQ=255) agCGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACa > 4:284211/1‑141 (MQ=255) cGTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGt < 1:439404/141‑1 (MQ=255) gTTTACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTc < 2:757591/141‑1 (MQ=255) ttACGGCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAg > 2:187485/1‑141 (MQ=255) ggCTAGTGCTGGTCCAGGTTTATCCTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGCCCCTTCTACTGGATCACCTGCGAAACAACAACAGTCAGAttt > 2:346241/1‑141 (MQ=255) gTGCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGc > 4:146588/1‑141 (MQ=255) gCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCaa < 1:986029/141‑1 (MQ=255) gCTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCaa < 1:60098/141‑1 (MQ=255) cTGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCaaa < 1:641406/141‑1 (MQ=255) tGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCGATTGGATTAGCTGGTATGACTGATACTCCAGTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGCAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCACAt > 2:919268/1‑141 (MQ=255) tGGTCCAGGTTTATCTTTAATGATGGAAGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAAt < 2:137000/141‑1 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aaGCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGANTTANTGCAAATGATTTATGNTACACATGGTGATATTc < 1:907680/141‑1 (MQ=255) gCAATTGGATTATCTGGTTTGAGTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCa < 1:554926/141‑1 (MQ=255) gCAATTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCa < 3:252776/141‑1 (MQ=255) aTTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCaaaa < 2:991280/141‑1 (MQ=255) aTTGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCAaaaa > 2:210555/1‑141 (MQ=255) tGGATTATCTGGTATGACTGAAACGCCATTAGTCATTATTAATACCCAACGAGGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAAt > 2:498966/1‑141 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |